Узнав о бое в Заальфельде и поспешив, по мере выхода войск из ущелий, привести свои крылья к центру, Наполеон приказал Ланну не спускаться по Заале, что могло его чрезмерно удалить от него и приблизить к неприятелю, а сделать движение вправо и передвинуться к городу Ауме, где была установлена штаб-квартира. Ожеро должен был заполнить зазор между Заале и корпусом Ланна. Предписав своему правому крылу то же движение сосредоточения, Наполеон направил Сульта на Вайду и Геру и призвал Нея занять Ауму, когда оттуда уедет штаб-квартира. Таким образом, он располагал 170 тысячами человек на пространстве в семь-восемь лье, с возможностью собрать 100 тысяч из них за несколько часов. Продолжая концентрироваться, он продвигался вперед, готовый перейти Заале, если понадобится форсировать там позицию неприятеля, либо двинуться к Эльбе, если нужно будет его там предупредить. Впрочем, Наполеон делал не более четырех-пяти лье в день, дабы дать корпусам время соединиться, ибо его резервы, в том числе артиллерия и кавалерия гвардии, а также отборные батальоны, всё еще отставали. Хотя теперь он знал, благодаря двум боям предыдущих дней, чего стоят прусские войска в присутствии армии, которая могла выставить против него единой массой 130–140 тысяч человек, он двигался с осторожностью великого полководца. Двенадцатого вечером он выехал из Аумы в город Геру.
Французская кавалерия, носясь во все стороны среди обозов несчастных саксонцев, захватила богатую добычу. Одним махом завладели пятью сотнями повозок. Кавалерия, как писал об этом Наполеон, была
Тринадцатого утром более подробные донесения сообщили, что неприятель вплотную подошел к Заале. Наиболее крупное соединение было замечено на направлении Веймар – Йена. Не теряя ни минуты, Наполеон вскочил на лошадь, чтобы ехать в Йену. Он лично проинструктировал Сульта и Нея и предписал им быть в Йене к вечеру, самое позднее, к ночи. Мюрату он приказал отвести кавалерию к Йене, а маршалу Бернадотту – занять в Дорнбурге промежуточную позицию между Йеной и Наумбургом. Он отбыл без промедления, разослав офицеров, дабы остановить всех, кто двигался к Гере, и повернуть их на Йену.
Накануне вечером маршал Даву вступил в Наумбург, занял мост через Заале и захватил склады с прекрасным мостовым снаряжением. Бернадотт присоединился к нему. Мюрат отправил легкую кавалерию к Лейпцигу и захватил ворота этого большого торгового города. Ланн передвинулся на Йену, небольшой университетский городок, расположенный прямо на берегах Заале, и оттеснил в беспорядке неприятельские войска и загромождавшие дорогу обозы, оставшиеся по эту сторону реки. Завладев Йеной, он незамедлительно выставил аванпосты на высотах, которые над ней доминируют. Заметив армию князя Гогенлоэ, который после обратного перехода через Заале встал лагерем между Йеной и Веймаром, Ланн заподозрил, что в этом месте готовится крупное соединение сил.
В самом деле, прусская армия воссоединилась. Князь решил исполнить приказ герцога Брауншвейгского и вернуться за Заале для соединения с великой прусской армией. Он достиг бы этой позиции в лучшем порядке и не растеряв обозов, если бы подчинился раньше.