Борьбой с политическими противниками режима занимались в основном охранные отделения. К охранным отделениям в самом жандармском корпусе относились достаточно прохладно. Они считались скорее частью полиции, чем жандармского корпуса, поскольку вначале создавались при канцеляриях полицмейстеров. Таким было и Московское отделение по охранению общественной безопасности, которое было создано по инициативе московского обер-полицмейстера Козлова.
Особую роль в деятельности Московского охранного отделения сыграл Сергей Васильевич Зубатов. До его прихода оно действовало так, как это было принято еще при Николае I. Группа жандармских офицеров, не имея специального образования, собирала сведения о противниках режима с помощью добровольных информаторов, после чего проводила розыск и аресты. При этом сами жандармы практически открыто презирали доносчиков.
Зубатов внес в эту систему целый ряд серьезных преобразований. При нем впервые в числе сотрудников охранки появились не только офицеры жандармского корпуса, но и представители других слоев общества, такие как разночинец Е. Медников – руководитель филеров, а также Е. Н. Марков – бывший революционер, ставший аналитиком.
Сам Зубатов также не служил ни в армии, ни в жандармском корпусе. Своих сотрудников он начал обучать основным принципам работы сыщика, требовал от них знания основ идеологии революционеров того времени, ее сильных и слабых мест. Это было особенно актуально, так как подготовка жандармов того времени в основном была направлена на изучение особенностей поддержания порядка на железных дорогах.
Зубатов наладил в отделении современное делопроизводство, в том числе грамотный учет и фотографирование всех, кто попадал в поле зрения охранки. Это позволило ему создавать картотеку лиц, попадающих в зону внимания жандармов.
Также при Зубатове была серьезно расширена и усилена служба филеров, создана школа для их подготовки. В итоге в Москве был сформирован летучий отряд, который действовал по всей территории империи. Следует отметить, что в своей работе Зубатов делал ставку на профессиональных осведомителей, из числа завербованных революционеров, получавших регулярное содержание. Использование филеров и осведомителей вкупе с продуманной картотекой позволяло ему весьма эффективно бороться с революционерами, получая большой объем сведений еще до ареста.
Результатом деятельности Зубатова стала весьма эффективная система организации политической полиции – пример для охранных отделений в других городах. Постепенно Московское охранное отделение начало активно работать и в других регионах. С 1902 г. была создана целая сеть охранных отделений, которые чаще всего возглавляли ученики Зубатова. Таким образом, московское отделение и его руководство стало играть важную роль в системе политического сыска империи.
Особо следует отметить самую знаменитую идею Зубатова – создание профессиональных союзов рабочих. Начальник московской охранки одним из первых понял, что не террористы, а именно рабочие, сосредоточенные в городах и способные на массовые организованные акции, представляют самую большую опасность для режима. Кроме того, он не раз видел, как либеральные на словах владельцы фабрик и заводов вели себя как настоящие крепостники, а при малейшей угрозе вызывали полицию и войска, перекладывая на них всю ответственность за поддержание порядка и жесткие меры. При этом в большинстве случаев рабочие выдвигали экономические требования или протестовали против произвола заводской администрации.
Зубатов предложил создавать организации рабочих под контролем полиции. С одной стороны, использование самоуправляющихся обществ, ответственных за поддержание порядка, было вполне в духе традиций русского самодержавия. Наиболее ярко это проявилось в использовании крестьянской общины. Зубатов видел в этом средство контроля за наиболее опасными противниками режима.
Создавая профсоюзы, полиция раскалывала оппозицию, значительно сокращала базу массовых выступлений и ставила власть в положение арбитра в споре рабочих и буржуазии. Теоретически, в случае успеха подобная практика могла бы серьезно ослабить деятельность революционеров ценой уступок со стороны предпринимателей.
На первом этапе эта инициатива имела безусловный успех и привела к созданию массовых легальных организаций рабочих, которые весьма эффективно боролись с пропагандой революционных партий и защищали права своих членов от произвола хозяев и их администрации с помощью полиции. Революционеры, в том числе и марксисты, объявили участников этих организаций провокаторами. Однако вскоре выяснился органический недостаток этих структур. Они не были оформлены законодательно и не имели возможности действовать законным путем. Их сила заключалась только в поддержке полиции. С точки зрения Зубатова, это гарантировало их контролируемость, однако на практике ставило такие структуры в абсолютную зависимость от настроения и положения их покровителей среди администрации.