Особое внимание было уделено столу регистрации, где проводилось опознание задержанных. Для этого использовалась картотека, порядок в которой был наведен именно с приходом Лебедева. Первоначально она состояла из архива фотокарточек преступников. В московской полиции их начали делать с 1867 г. Но сами по себе фотографии еще не давали возможности опознать преступника. Эта проблема тогда стояла перед правоохранительными органами стран всего мира.
Первая система идентификации, основанная на системе антропометрических измерений (антропометрия, в просторечье бертильонаж), была предложена Альфонсом Бертильоном. С 1881 г. она была принята в Париже, а с 1888 г. во всей Франции, а затем и в других европейских странах. Основу ее составляли измерения размеров человеческого тела по 27 параметрам, включая поперечное и продольное сечение человеческого черепа, размер грудной клетки и т. д. В России эта система была официально принята в 1890 г. На практике в Москве система бертильонажа стала использоваться с 1892 г., но именно Лебедев, серьезно переоборудовавший фотолабораторию и антропометрический кабинет, вдохнул в нее жизнь.
При Лебедеве стол приводов возглавил полицейский надзиратель И. Е. Бояр, работавший в полиции с 1885 г. Небольшого роста, довольно угрюмый в обычной жизни человек, он был настоящим фанатиком своего дела. Для него возможность изобличить скрывающего свою фамилию преступника была своего рода охотой. Кроме двух алфавитов (регистров), он использовал свой огромный опыт, нередко на глаз устанавливая профессию и социальное положение человека.
Система антропометрических измерений позволяла полиции весьма эффективно выяснять личности задержанных, особенно рецидивистов. Следует отметить, что в паспортах того времени фотографий не было, а различные маргинальные элементы нередко сознательно не имели документов. Это было удобно для рецидивистов и разыскиваемых лиц. Таким образом, для того времени антропометрическая система была серьезным шагом вперед.
С 1902 г. на основе этих данных была налажена выдача справок по запросам рекомендательных контор (в первую очередь для найма прислуги). Нередко это приносило результаты. Так, при проверке служащих Императорского Кремлевского дворца оказалось, что проживающий во дворце служитель Иван Рябов, 20 лет, несмотря на молодость, был уже дважды осужден за мошенничество и кражи.
Новым правилом, введенным Лебедевым, было и требование, чтобы и фотограф Московской сыскной полиции обязательно фотографировал всех убитых и покойников неизвестного звания, а также места преступлений по специальной схеме.
Для более эффективной работы было приобретено специальное оборудование, в том числе фотоаппараты, разработанные Бертильоном для полицейской съемки, оборудование, позволяющее как уменьшать, так и увеличивать снимки, и т. д. До этого фотограф фон Магден работал со своим обычным фотоаппаратом и складывал снимки без всякого порядка.
Естественно, особое внимание начальник Московской сыскной полиции уделял организации оперативной работы. Лебедев отверг сложившуюся традицию разделения города на отдельные районы, за каждый из которых отвечал конкретный сотрудник. Он даже запрещал сотрудникам называться участковыми. Он опасался, что сотрудник будет занят только делами своего участка и не будет помогать другим. Кроме того, подобное разделение на участки, по мнению Лебедева, способствовало тому, что сотрудники начинали собирать так называемые «месячные» с различных заведений, то есть вымогать деньги за покровительство. Вместо этого Василий Иванович требовал, чтобы каждый сотрудник работал по всей Москве. В идеале он считал необходимым специализацию сотрудников на определенных видах преступлений: специалист по карманным кражам не должен расследовать убийство и наоборот.
Следует отметить, что в то время в Европе существовало две схемы организации уголовной полиции, условно называемых английская и немецкая. Лебедев, как видно, в большой степени ориентировался на германский опыт, характеризующийся узкой специализацией сотрудников и отсутствием деления их на территориальные участки.
Примерно в это же время начальник Санкт-Петербургской сыскной полиции В. Г. Филипов внедрял английскую схему организации полиции, то есть распределение сотрудников по территориальным участкам плюс организация небольшой группы сыщиков, работающих по наиболее сложным делам по всему городу (летучий отряд).
Лебедев отвергал практику постоянных осведомителей, получавших регулярную зарплату, так называемых «лягашей» или «поддужных», предпочитая платить осведомителям за конкретные сообщения.
При организации розыска он требовал тщательного осмотра места преступления, составления подробного его описания, активного использования в работе научных методов.