В Москве об измене все-таки узнали. Правительство разослало призыв к казачьим полковникам – низложить Выговского и избрать нового гетмана. Переговоры с поляками прервались, возобновились боевые действия. Но Выговский считал, что он уже готов выступить. На Украину двинулась крымская орда. Гетман соединился с ней, вместе с татарами получилась 100-тысячная армия. Она подступила к Киеву. Полковники, поддержавшие заговор, ринулись на русские и белорусские земли – в тылы нашей армии, сражавшейся в Литве. Захватили Мстиславль, Рославль, Чаусы, готовился к обороне Смоленск. Однако измену одобрили далеко не все украинцы. Народ узнавал, что гетман отдает страну полякам, навел татар, и возмущался таким вождем. В Киеве гарнизон боярина Шереметева был весьма малочисленным. Но к нему стекались казаки, горожане. Собралось такое войско, что воевода решился выйти из города, ударить по осаждающим. Дрались целый день, Выговского и крымцев отогнали, взяли 20 пушек, 48 знамен.
А на выручку Киеву шли из России полки Куракина и Ромодановского. Города без боя открывали им ворота, встречали хлебом-солью. Казачья «голота» присоединялась толпами. Приезжали и полковники, сохранившие верность России. Войска встали недалеко от Киева. По предложению Ромодановского, украинская часть армии провела раду и выбрала «гетманом на время» генерального войскового судью Ивана Беспалого. Ну а король так и не выполнил обещание прислать Выговскому свою армию. Гетман нервничал, метался – и отправил посольство к царю, приносил повинную. Впрочем, каяться всерьез он не собирался. Напускал туман, лгал напропалую. А когда услышал, что Ромодановский и Беспалый стоят отдельными лагерями, послал наказного атамана Скоробогатенко налететь врасплох и погромить их. Замысел не удался, царские ратники и казаки отбили атаку.
Тем временем в России формировалась большая армия Трубецкого. 15 января 1659 г. она выступила к границе. Но… царь не хотел завоевывать Украину! Ведь и война-то началась ради спасения ее жителей, по их собственным призывам. Инструкция Алексея Михайловича требовала от воеводы «идти в Переяславль уговаривать черкас, чтобы они в винах своих ему, государю, добили челом, а государь их пожалует по-прежнему». Только в случае явной вражды и неудачи переговоров разрешалось «идти на них войною». 7 февраля вдогон Трубецкому были посланы новые инструкции. Государь соглашался даже на примирение с Выговским. Дозволялось пойти ему на уступки – утвердить за гетманом такие же привилегии, какие сулили ему поляки, убрать с Украины воевод и русские гарнизоны.
Трубецкой остановился в Путивле, к нему подошли и Ромодановский с Беспалым, собралось 150 тыс. ратников. Но правительство полагало, что внушительная армия понадобится только для демонстрации. Трубецкой писал к Выговскому, звал на переговоры. Не тут-то было. Гетман делал вид, что опять испугался, а сам лишь тянул время. Ждал татар, баламутил казаков и всякий сброд. Неожиданно он появился с 30-тысячным войском у Миргорода. В городе изготовились его сторонники и подняли мятеж. Заставили сдаться стоявший там отряд русских драгун.
Трубецкой двинул армию вперед. Но пока он стоял возле границы, гетман успел как следует укрепить Конотоп, перекрывающий дорогу от Путивля в глубь Украины. Буквально под носом у русских туда вошло большое войско полковника Гуляницкого. 19 апреля к Конотопу подтянулся царский передовой полк – не зная, что в крепости затаились более крупные силы. Предложили открыть ворота, получили отказ и с ходу кинулись на приступ. Но едва ратники приблизились к стенам, под ними взорвалась заложенная мина, из города выплеснулись казаки Гуляницкого, раскидали атакующих.
Подходили остальные русские части и взяли Конотоп в осаду. Трубецкой ждал, когда по весенней грязи подвезут тяжелую артиллерию, обозы с боеприпасами, при этом снова и снова пробовал вступить в переговоры с Выговским. А гетман как будто не отказывался. Писал, что он одумался, согласен покориться, со дня на день приедет к воеводе. Но чем дальше, тем отчетливее прояснялось, что он лжет. В мае Трубецкой отправил корпуса Ромодановского, Куракина и Беспалого «промышлять» неприятеля. В июне прибыла артиллерия, 30 крупнокалиберных пушек открыли огонь по Конотопу. Ратники насыпали земляной вал, придвигали его к стенам, готовясь к приступу.