У Хантера стенокардия началась в 1773 году с боли в центральной части грудной клетки за грудиной. Дженнер, оказавшийся рядом с ним во время первого приступа, писал, что он побледнел «как мертвец». Через 15 минут боль стихла. Возможно, этот опыт усилил его интерес к возможной связи между сердцем и коронарными артериями. Вскоре после этого он провел посмертное патологоанатомическое исследование 54-летнего мужчины, который скончался от «внезапного и неистового смещения гнева». На этот раз Хантер писал:
Биографы Хантера описывали его как ученого, одержимого тяжелым трудом, что, возможно, подпитывало соперничество с его братом-хирургом Уильямом Хантером. Он «работал в прозекторской обычно с шести до девяти утра, после чего завтракал. Затем обходил пациентов, возвращался в прозекторскую и оставался там до поздней ночи». Окружающие характеризовали Хантера как сложного человека. Лорд Холланд считал своего друга «категоричным и злым, когда его выводили из себя».
К 1785 году Хантеру стало так плохо из-за рецидивирующей стенокардии, что он покинул Лондон, чтобы отдохнуть и восстановить силы в термах Бата. В это время его врач Джон Кокли Леттсом писал:
Это было первое описание естественного течения ишемической болезни сердца, к несчастью для вспыльчивого Хантера, без шансов на выздоровление. Он не один раз говорил: «Моя жизнь в руках любого негодяя, который захочет вывести меня из себя или раздразнить».
Так и было. 16 октября 1793 года, через двадцать лет после появления симптомов, Хантеру предстояло посетить административный совет больницы святого Георгия. Он спустился в подвал, в прозекторскую, еще на рассвете и анатомировал труп до завтрака в девять утра. В полдень он покинул свой дом на Лестер-сквер и отправился в карете к Гайд-парку. Дискуссия переросла в злобную перепалку, когда администрация отказалась принять двух молодых студентов из родной для Хантера Шотландии. В разгаре язвительной словесной атаки со стороны коллеги-хирурга у Хантера случился «припадок гнева». Он замолчал и резко вышел из комнаты, предположительно пытаясь подавить «буйство страстей». Хантер едва успел добраться до соседней комнаты, как «с глубоким стоном замертво упал в объятия коллеги».