Вскоре после европейской поездки делегация аргентинских кардиологов апеллировала к патриотизму Фавалоро и стала убеждать его вернуться домой. Когда они настояли на том, что родина нуждается в нем больше, чем Кливлендская клиника, Фавалоро неохотно капитулировал. Впоследствии он вспоминал это эмоционально непростое для себя время:
Сделав такой шаг, Фавалоро отказался от большого дохода. Каждая операция, проведенная им в Кливленде, приносила ему как минимум 10 тысяч долларов. Соунс вышел из себя, счел его безумцем и отказался подписать заявление. Это было настолько тяжелое время, что Фавалоро принял приглашение прочитать лекцию в Бостоне, взял с собой жену, а затем улетел в Аргентину, даже не вернувшись в Кливленд. Только его секретарь Кэндис знала о предстоящем отъезде. Соунс был безутешен.
Фавалоро добился в Аргентине больших успехов, по крайней мере в первое время. Он возвращался в Кливленд несколько раз и однажды взял Соунса в отпуск во Францию и Италию. Вспоминая об этом, Фавалоро писал:
Слова Фавалоро соответствовали действительности. Соунс и правда проводил дни в темной комнате, освещенной проектором. Он носил футболку и старые брюки и постоянно курил. Соунс диктовал свои наблюдения, и его часто прерывали любопытствующие, включая меня, которые были очарованы его описанием больных коронарных артерий. Ночами он иногда спал прямо на катетеризационном столе. Узнав, что старый друг умирает от рака легких, Фавалоро сразу вылетел к нему в Кливленд. Жизнь самого Фаволоро трагически оборвалась среди финансового хаоса Аргентины 1990-х годов.
У клиники и Фонда Фаволоро были огромные долги, и 29 июля 2000 года Фаволоро, находясь в глубокой депрессии, покончил с собой в возрасте 77 лет.
Под руководством Дональда Эффлера Фаволоро превратил отделение торакальной хирургии Кливлендской клиники в ведущий мировой центр реваскуляризации миокарда. Когда Эффлер вышел на пенсию, Флойд Луп стал заведующим отделением, и при поддержке его коллег Делоса Косгроува и Брюса Литла клиника продолжила расширять свои горизонты. Хотя коронарное шунтирование эффективно устраняло симптомы, его тестировали во многих клинических исследованиях, в которых врачи набирали пациентов, чтобы сравнить эффективность хирургического вмешательства и медикаментозной терапии. Это было оправдано, поскольку появление бета-блокаторов и блокаторов кальциевых каналов для лечения стенокардии и сердечной недостаточности улучшали исход в тандеме с достижениями кардиохирургии. Хотя коронарное шунтирование в большинстве случаев облегчало стенокардию, не было доказательств, что после него пациенты жили дольше. В конце концов, коронарное шунтирование – серьезная операция на грудной клетке и ноге. Зачастую требовался забор подкожной вены как из бедра, так и из голени, поэтому, прежде чем получить удовлетворительные сегменты, хирург приходилось делать 75-сантиметровый разрез.