Инициатива в назначении расследования принадлежала всё тому же Витте. Алексей Александрович Лопухин, занимавший в то время пост прокурора Московского окружного суда и хорошо знавший обстоятельства дела, вспоминал: «То самое Министерство финансов, которое в лице его главы, С. Ю. Витте, только что выступало в качестве инициатора в вопросе о предоставлении названному обществу выгодной концессии, выступило в лице того же С. Ю. Витте с требованием об отобрании у него этой самой концессии и о принятии мер, которые были сознательно направлены к финансовой гибели и железнодорожного общества, и крупных его акционеров». «…Выбор Министерством финансов именно их в качестве дани правосудию казался непонятным. Ясны были незаконность одних мер, избыток жестокости других, что вместе с отсутствием справедливых мотивов заставляло подозревать за всем этим наличность какой-то крупной интриги», – полагал прокурор Лопухин. Иными словами, зная азартность Саввы Ивановича, хитроумный министр якобы изначально вел дело к суду, что позволило бы его ведомству дёшево обратить мамонтовские активы в казённые…
В результате Лопухин отказался поддерживать обвинение, эту «миссию» принял его заместитель Павел Курлов, впоследствии командир корпуса жандармов, составивший себе более чем сомнительную репутацию причастностью к коррупционным делам и довольно странной гибели Столыпина.
Подсудимых защищали лучшие адвокаты: Плевако, Карабчевский, Шубинский, Багриновский. Им удалось преодолеть естественную неприязнь присяжных к «богатеям» на скамье подсудимых и убедить в том, как сказал в своей речи Плевако, что «Ущербы его <
Плевако, в частности, убедительно показал, что акционеры, об интересах которых так пеклось обвинение, ушлые и опытные в коммерческих делах люди, вполне благосклонно взирали на действия Мамонтова. Они видели, что он делает, и до поры до времени одобряли эти действия. С едкой иронией отозвался о них «московский Златоуст»: «Но отучневшие на доходы дороги и сгорбившиеся от труда отрезать купоны и считать дивиденды, щедрой рукой приносимые им дорогой, нуждающиеся в чужом совете, названные акционеры рассуждали иначе: они видели, что дорога крепнет, растёт, развивает движение до размеров, какие не снились им. Малоумные, они не понимали, что Савва Иванович разоряет их!»