Сопротивление Баркьяруку оказали члены его собственной семьи, что было еще одним зримым выражением отсутствия единства среди сельджуков даже на уровне «верховного правящего эшелона». Дядя Баркьярука, Аду Саид Тадж ад-Давлат Тутуш, сельджукский правитель Сирии и Палестины, развязал военную кампанию с целью низложения племянника. Однако мятеж продлился недолго. Тутуш был пленен в битве при Рее и казнен в 1095 году (после чего сельджукское государство в Сирии и Палестине распалось). Тогда низложить Баркьярука попытался его сводный брат Мухаммед Тапар. Разгоревшаяся междоусобная борьба велась с переменным успехом, не давая решительного перевеса ни одной из сторон. Это отсутствие перевеса в междоусобной брани чрезвычайно вредило сельджукскому делу. Ведь в случае, если бы кто-то из соперников добился решительной победы, тюркские племена поспешили бы встать под его знамена и сплоться вокруг явного победителя. Сельджуки всегда были конгломератом родов и племен, с ярко выраженным стремлением к независомости, однако в прошлом они все-таки составляли, хоть и рыхлое, но объединение, пока над ними главенствовал сильный и успешный предводитель, необходимый им для сохранения сплоченности. Однако междоусобная война продолжалась без решительного результата, и ее исход оставался по-прежнему неясным. Военные действия не прекращались до самой смерти Баркьярука в 1105 году, чему способствовал переход на сторону Мухаммеда Тапара в 1097 году Хорасана и Тохаристанв, находившихся в то время под управлением его брата, Ахмада Санджара (чье «говорящее» прозвище означает по-тюркски «Пронзающий» или «Атакующий»). Все это подрывало наступательный потенциал сельджуков в борьбе с восточными измаилитами и отвлекало их от этой борьбы.
Персидские измаилиты не преминули воспользоваться воцарившейся в державе Сельджукидов обстановкой всеобщего хаоса в своих интересах. К этому времени их отменная воинская выучка и высокий боевой дух снискали им уважение даже в среде противников. В конце концов, даже правоверный суннит Баркьярук решился пополнять низаритами свои войска, как-то зачислив в ряды султанской рати пять тысяч восточных измаилитов разом. Хотя это давшееся султану очень нелегко решение и было чисто временной, вынужденной мерой (Баркьярук в последующие годы своего правления обратил свой напоенный кровью меч против измаилитов, подвергая их массовым и мучительным казням), оно, тем не менее, свидетельствовало о смятении и хаосе в сельджукском стане. Несмотря на службу части низаритских наемников под сельджукскими знаменами, персидские низариты в целом продолжали проводить в жизнь политику, принесшую им столько успехов и побед до момента «великого раскола», разделившего их (как выяснилось позднее – навсегда) с египетскими единоверцами. Особо важным фактором успешности действий иранских измаилитов был захват ими изолированных друг от друга, но обладавших мощными фортификационными сооружениями крепостей. Опираясь на них, низариты могли угрожать окружающим территориям, остававшимся под сельджукским контролем, и продолжать беспокоить своих врагов-суннитов, громя, захваченные врасплох, отдельные группировки сельджуков, и возвращаясь, после неизменно успешных налетов, или рейдов, под надежную защиту неприступных стен своих твердынь, способных выдержать даже самую тяжелую осаду.
Одной из наиболее важных вех на пути восточных измаилитов к чаемой ими всеиранской гегемонии был захват в 1096 году (в который «франки» отправились в свое первое «вооруженное паломничество» в Палестину) важной крепости, расположенной на северо-востоке Персии. Эта крепость господствовала над путями, или, выражаясь по-военному, линиями коммуникаций, ведшими, из восточных областей Ирана в Хорасан, его западную часть. Овладение этой сельджукской твердыней позволило низаритам беспокоить местных сельджуков гораздо эффективней и успешнее, чем прежде. Крепость стояла на вершине скалы, подобной акульему зубу, возносясь высоко в небо, и, казалось, достигая облаков. Скалистые уступы, ведшие к ее подножью, были так остры, что с большого расстояния казались тоньше бритвенного лезвия. Крепость называлась Гирдкух. Именно ее комендантом был в 1090 году вышеупомянутый тайный сторонник Хасана ибн Саббаха, выдавший по расписке «Горного старца» коменданту Аламута причитавшиеся тому деньги за сдачу измаилитам «Орлиного гнезда».