В качестве ответа на это неудавшееся вторжение британское правительство сформировало в Ирландии собственный корпус добровольцев, ввело во многих городах комендантский час и попыталось разоружить «Объединенных ирландцев» и других воинствующих реформаторов. «Объединенные ирландцы» ушли в подполье и создали обширную сеть тайных обществ, продолжавших бороться за католическую эмансипацию и реформу ирландского парламента и исполнительной власти в Дублине. Однако уже в начале 1797 года британское правительство начало засылать в эти ячейки своих агентов. В марте 1798 года собрание «Объединенных ирландцев» в Лейнстере было разгромлено, а его члены арестованы. Это привело к общему восстанию «Объединенных ирландцев» с очагами в графствах вокруг Дублина, а также в Вексфорде и Уотерфорде. Поначалу в Вексфорде и Уотерфорде повстанцы добились успеха, но при попытке продвинуться на север и запад были разбиты у Винегар-Хилл около Эннискорти в графстве Вексфорд в июне 1798 года. Восстание «Объединенных ирландцев» в Ольстере также быстро подавили. В августе небольшой французский отряд высадился в Киллале в графстве Мейо и разбил местное ополчение в Каслбаре, но затем лорд Корнуоллис со своими войсками окружил французов в Баллинамуке в графстве Лонгфорд, и 8 сентября 1798 года они были вынуждены сдаться. Затем в Ирландию прибыл морем еще один французский отряд в сопровождении Теобальда Вольфа Тона. В середине октября эти силы вступили в бой с британским флотом близ озера Лох-Суилли в графстве Донегол. Имевший численное преимущество британский флот одержал победу. Тон был схвачен, предан в Дублине военному суду, признан виновным в измене и приговорен к казни. Не желая погибнуть от рук британцев, он перерезал себе горло 19 ноября 1798 года.
Хотя восстание 1798 года не увенчалось успехом, упорство мятежников и постоянная угроза французского вмешательства заставили нового премьер-министра Великобритании Уильяма Питта осознать, что недовольство ирландцев и ирландские проблемы требуют комплексного решения. Питт считал, что объединение ирландского и британского парламентов сможет одновременно удовлетворить ирландских реформаторов и развеять опасения британских политиков. Такой союз искоренит коррупцию в ирландском парламенте (что обрадует ирландских реформаторов) и позволит Лондону напрямую контролировать Ирландию (что удовлетворит британских политиков). Он также считал, что образование Соединенного Королевства Великобритании и Ирландии будет способствовать модернизации ирландской торговли и коммерции. Британские инвесторы станут охотнее открывать производства в умиротворенной Ирландии, а благодаря общему росту уровня жизни призывы к независимости станут неактуальными для большинства населения Ирландии. Многие католики поддерживали идею объединения, поскольку она давала надежду на католическую эмансипацию (Питт подразумевал, что это будет следующий логический шаг после заключения унии). По мнению Питта, в рамках унии католическая эмансипация прошла бы спокойнее, поскольку в Соединенном Королевстве католики окажутся в меньшинстве и уже не будут угрожать существованию протестантского государства. При этом в самой Ирландии католики составляют большинство населения, и, пока у них нет шансов на какую-либо политическую власть, они всегда будут недовольны, считал Питт. Недовольное большинство в конечном итоге делает страну неуправляемой, поэтому Питт предлагал превратить лишенное доступа к власти католическое большинство Ирландии в католическое меньшинство (с расширенными политическими правами) Соединенного Королевства.
Многие члены ирландского парламента выступили против унии. Среди них были реформаторы и радикалы, хотевшие получить независимый (но улучшенный) ирландский парламент, протестанты, которые боялись католической эмансипации, представители торговых кругов, опасавшиеся, что их поглотят более мощные британские фирмы, и просто люди, которые извлекали выгоду из сложившегося положения вещей. Первоначально предложение Питта было отклонено в ирландском парламенте 24 января 1799 года с перевесом в пять голосов. Но британское правительство смогло использовать свои рычаги влияния, чтобы заручиться поддержкой нужного количества членов ирландского парламента, и 6 февраля 1800 года большинство проголосовало за объединение. По условиям унии ирландский парламент был распущен, и часть ирландских депутатов теперь заседала в британской палате общин. Экономические ограничения между двумя странами предполагалось постепенно устранять и ввести между ними режим свободной торговли. 1 января 1801 года было официально объявлено о создании Соединенного Королевства Великобритании и Ирландии. Некоторое количество возмущенных ирландцев во главе с Робертом Эмметом попытались с помощью Франции восстать против унии. Это ни к чему не привело – восстание Эммета вылилось всего лишь в локальную стычку в Дублине 23 июля 1803 года. Сам Эммет был схвачен и 20 сентября казнен.