Совокупность условий, на каких помирился в 1471 г. Иван Васильевич с Великим Новгородом, не раз поражала историков своей умеренностью. Укрепляя свою власть над Новгородом, Иван Васильевич на первых порах сравнительно осторожно обходился с его «стариной и пошлиной», и в этом можно видеть определенный политический расчет. В Москве, конечно, хорошо знали внутренние дела и отношения новгородские. Сильный перед Новгородом с его внутренними раздорами, имел ли Иван Васильевич расчет скрепить его согласие резким давлением? Щадя инстинкты вечевой массы новгородской, он крутую расправу направил на часть вожаков литовской партии. Захватив старшего из сыновей Марфы Борецкой Дмитрия (посадника) и нескольких влиятельных его единомышленников из бояр и житьих людей, Иван Васильевич велел их казнить, главы им отсечь «за их лукавство, за их отступление к латинству»; многих же иных посадников и тысяцких и бояр и житьих людей новгородских разослал он по московским городам в темницы и в ссылку по станам. В числе заключенных видим такую влиятельную силу, как посадник Василий Казимирович, посланный на заточение в Коломну с 50 товарищами «лучшими». Надо думать, что Иван Васильевич рассчитывал на устрашающий пример 1471 г., вскрывший безнадежность новгородского сопротивления.
Дальнейшая новгородская политика Ивана Васильевича проходит две стадии, которые можно определить как развитие реальной силы великокняжеской власти с относительным соблюдением традиционных для Новгорода форм ее деятельности (т. е. ее связанности новгородской «стариной и пошлиной»), а затем водворение в Новгороде вотчинной власти московского государя. Первое наблюдаем до конфликта 1477/78 г., второе составляет суть этого конфликта и так называемого «падения Великого Новгорода». Прежние отношения Великого Новгорода к его князьям сложились так, что, несмотря на сохранение за ними значительных прав и полномочий, фактически эти права, с одной стороны, парализовались обязательством князя не осуществлять их иначе, как при участии посадника и при посредстве должностных лиц, назначаемых князем вместе с посадником из новгородцев, а с другой – часто и вовсе не осуществлялись, когда князьями новгородскими стали князья тверские, потом московские, не имевшие возможности играть активную роль в местном деле новгородского суда и управления. Этот фактический абсентеизм княжеской власти развивался издавна и исподволь, причем находил поддержку в том, что князья в Новгородской земле не имели никакой владельческой опоры, как лишенные права иметь тут свои вотчины и своих дворовых людей и закладней. Если князья Северо-Восточной Руси, охраняя взаимную независимость своих вотчинных княжений и уделов, обязывались сел не покупать в чужих владениях и не держать там лично-зависимых людей, то Великий Новгород ту же меру применял, как известно, к своим собственным князьям, чтобы не стали они из облеченных властью (по решению веча) ее вотчинными владельцами, как во всех других русских землях.
Однако московские князья как князья великие всея Руси искони считали и называли Новгород своей вотчиной. Вековая традиция была за то, что князем новгородским может быть только кто-либо из «братьев князей русских» Ярославова рода, а с XIII в. устанавливается тесная связь, в свое время мною отмеченная, стола новгородского с великим княжением Владимирским. Соединение в одном лице великих князей владимирского и новгородского сложилось с тех пор в прочную «старину и пошлину», которую и новгородцы едва ли когда отрицали как черту своего обычно-правового порядка. Мысль признать власть Казимира была, несомненно, коренным и смелым новшеством, отчаянной попыткой одной из новгородских партий. Но эта связь новгородского княжения с великим княжением Владимирским получила совсем новое освещение ввиду превращения последнего в вотчину московских государей. Иван Васильевич на нее и опирается в своем наступлении на новгородскую вольность. Он прежде всего ее, эту связь, закрепляет в договоре 1471 г.: ведь новгородцы там обязались «быть от великих князей неотступными ни х кому», не отдаваться «никоторою хитростью» от великих князей за короля и великого князя литовского, не принимать и на пригороды князей из Литвы, ни русских князей, недругов великому князю. Затем он берет на себя весьма активно роль князя новгородского как высшей, прежде всего, судебной власти в Новгороде, обеспечив себе и своим наместникам условия такой роли. Восстановлена и зависимость новгородской церкви от московского митрополита – поставлением Феофила (в декабре 1471 г.), и по его просьбе Василий Казимир и другие «нятцы» отпущены в Новгород.