В интересах партийного единства редакция «Искры» и группа «Освобождение труда» были официально распущены на съезде. Когда поднялся вопрос о роспуске группы «Южный рабочий», её сторонники вели отчаянную борьбу за сохранение хотя бы печатного издания. Эта идея была решительно отвергнута большинством. Незадолго до Второго съезда руководство «Искры» согласовало следующие предложения: в Центральный комитет, действующий внутри страны, должны были войти три человека, в редакцию Центрального органа – тоже три, а в Совет партии – по два представителя от обеих названных организаций плюс Плеханов. Однако напряжённые отношения наложили отпечаток и на обсуждение кандидатур. «Твёрдые» искровцы одобрили список, составленный только из сторонников «Искры». «Мягкие» искровцы (во главе с Мартовым) выступили в поддержку «центра» («Южного рабочего») и предоставили собственный список кандидатов. Это указывало на то, что «мягкие» искровцы в лице Мартова пошли на компромисс с колеблющейся, центристской тенденцией в лице «Южного рабочего». Стремление Мартова отложить решение по этому вопросу вызвало волнение в зале. Но скандал вокруг «Южного рабочего» не шёл ни в какое сравнение с теми бурными сценами, которые сопровождали следующее заседание.
Предложение Ленина сократить редколлегию «Искры» до трёх человек не являлось плодом диктаторского централизма Владимира Ильича, а просто отражало действительное положение дел. Логика была полностью на стороне Ленина, и с этим согласился даже Плеханов. Прежняя редакция из шести человек ни разу за три года не собралась в полном составе. Для 45 выпусков «Искры» 39 статей написал Мартов, 32 – Ленин, 24 – Плеханов, 8 – Потресов, 6 – Засулич и только 4 – Аксельрод. И это за три года! Вся редакционно-техническая работа была сделана Лениным и Мартовым. «De facto, – писал Ленин после съезда, – скажу ещё, решающим, политически решающим (а не литературным) центром была эта тройка [Ленин, Мартов и Плеханов] и
Младшие члены редколлегии Мартов и Потресов сначала поддержали Ленина, но под безумным давлением Засулич и Аксельрода изменили своё решение. Троцкий предложил переизбрать прежнюю редакционную шестёрку. Но уход со съезда бундовцев и рабочедельцев означал, что «твёрдые» искровцы оказались в большинстве. Предложение Троцкого было отвергнуто, и была избрана новая редколлегия в составе Ленина, Плеханова и Мартова. Правда, Мартов тут же объявил о своём выходе из этого состава. Раскол между «твёрдым» большинством и «мягким» меньшинством стал фактом. Заседание, на котором обсуждался состав редакционной коллегии, отличалось бурной и даже «истеричной» атмосферой, как позже доложили большевики Амстердамскому социалистическому конгрессу в 1904 году.
Возмущению молодых и впечатлительных революционеров не было предела. Троцкий вспоминает: