Тем не менее Мауна-Кеа была постоянным источником разногласий с тех пор, как в 1970 году на горе начал работать первый телескоп. Против него возражали те, кто считали вредным влияние телескопов на окружающую среду, культурную деятельность и даже на вид, которым наслаждались жители Большого острова (вначале были опасения, что белые купола телескопов, усеивающие вершину и видные с большей части острова, будут выглядеть уродливо). В 1983 году был составлен план развития и заключение о воздействии на окружающую среду, где излагался проект развития обсерватории до 2000 года, допускавший строительство не более тринадцати телескопов (этот лимит был достигнут в 2003 году).
Затем в 2009 году Мауна-Кеа была выбрана местом для строительства 30-метрового телескопа (TMT).
Один из целого ряда проектов «очень больших телескопов» (с диаметром зеркала больше 20 метров), TMT является плодом международного сотрудничества астрономических научно-исследовательских институтов. В 2009 году Мауна-Кеа сочли наиболее подходящим местом на планете для его строительства. TMT станет самым большим телескопом в Северном полушарии и вторым по величине в мире, затмив 10-метровые телескопы «Кек», также расположенные на Мауна-Кеа. Он сможет получать в двенадцать раз более четкие изображения, чем космический телескоп «Хаббл», и позволит ответить на вопросы о первых страницах истории нашей Вселенной, о тайнах черных дыр и о далеких планетах, на которых возможна разумная жизнь. Строительство TMT на Мауна-Кеа окончательно закрепит за Гавайями звание мирового лидера в области астрономических исследований.
Противники телескопов на Мауна-Кеа категорически возражали против ТМТ, поскольку это было явное нарушение лимита в тринадцать телескопов, обещанного в 1983 году, и начали искать способы остановить его строительство. Судебное оспаривание разрешения на возведение TMT отложило строительство на несколько лет.
К 2014 году Гавайский университет согласился вывести из обсерватории три существующих телескопа, чтобы соблюсти ограничение в 13 телескопов. Консорциум по строительству TMT выделил миллионы долларов на поддержку местной занятости и научно-технического образования на Большом острове. Телескоп обещали сделать максимально незаметным, окрасив его специальным составом, который будет отражать небо и землю, и построив на северном плато на более низкой высоте, чтобы он не был виден с 86 % территории Большого острова. Место установки телескопа обследовали, чтобы убедиться, что поблизости нет захоронений или других артефактов, и обязались на весь период строительства дать к нему доступ наблюдателям, которые получат право немедленно прекратить работы, если будут сделаны какие-либо археологические или культурологические находки. После разработки планов и разрешения всех юридических споров было выдано разрешение на начало строительства в 2015 году.
В апреле того же года большая группа протестующих направилась на гору и заблокировала подъездную дорогу к Мауна-Кеа, чтобы помешать строительной технике добраться до площадки TMT. Протестующие держали плакаты, осуждающие предполагаемое осквернение горы, и гавайские флаги (в том числе перевернутые — это был первый намек на то, что противодействие ТМТ начинали связывать с движением за суверенитет Гавайев). Тридцать один протестующий был арестован за блокирование дороги, но масштабы и накал протестов побудили губернатора Гавайев временно отложить строительство. Когда в июне строительная техника попыталась вернуться, протестующие построили несколько аху (гавайских святилищ из сложенных камней) на дороге и на площадке TMT и утверждали, что теперь их нельзя разрушать. (Одно аху снесли бульдозером; в конце концов активисты добровольно убрали с дороги остальные.) В тот же день был поврежден заглубленный оптоволоконный кабель, соединяющий обсерватории Мауна-Кеа с оптоволоконной линией связи на уровне моря.
Борьба с TMT быстро вышла в социальные сети. Звезда «Игры престолов» и «Аквамена» Джейсон Момоа, уроженец Гавайев, услышал о протестах и опубликовал свою фотографию без рубашки с надписью «МЫ МАУНА-КЕА» на груди. Еще несколько актеров вскоре последовали его примеру, и хэштег #WeAreMaunaKea набрал популярность. Благодаря обсуждениям в соцсетях протесты на Мауна-Кеа привлекли внимание СМИ по всей стране. И точно так же, как историю с Маунт-Грэм свели к слогану «Белки против телескопов», протесты на Мауна-Кеа в 2015 году быстро окрестили борьбой «религии против науки», что чрезмерно упрощало проблему и не пошло на пользу ни одной из сторон.
После яростных протестов и шума в СМИ в Верховный суд Гавайев в августе 2015 года был подан иск против выдачи разрешения на строительство TMT. В конечном счете суд признал разрешение недействительным на том основании, что оно было выдано слишком быстро, до принятия решения по результатам предыдущего слушания. К концу года строительство ТМТ так и не началось.