В процессе укрепления Русского централизованного государства начинает формироваться общая система как центральных, так и местных правительственных учреждений, осуществлявших административные, судебные, полицейские, военные и ряд других функций. До середины XVI в. структура государственного аппарата Руси выглядела следующим образом. Великий князь находился во главе государства. Боярская дума являлась высшим правительственным учреждением и выступала как законосовещательный орган при государе. Главными органами государственного управления были также Дворцы и Казна. Кроме Большого дворца в 50-е годы XVI в. существовало еще пять территориальных дворцов: Новгородский, Дмитровский, Угличский, Калужский и Рязанский. Управлявшие ими дворецкие контролировали кормленщиков – волостелей и наместников, решали вопросы судопроизводства. Казна играла роль великокняжеской канцелярии, а также сокровищницы и ведала в основном фискальными прерогативами. Во Дворце и в Казне содержался значительный штат дьяков и подьячих, использовавшихся как для ведения зарождающегося делопроизводства, так и для выполнения различных поручений государственного характера.
С течением времени система Дворца и Казны эволюционировала и на ее основе стали оформляться другие органы управления – приказы, которые просуществовали с рядом определенных изменений до начала XVIII в. Приказы формировались не на основе какой-либо реформы, а постепенно выделяясь из системы дворцовых учреждений по мере насущной необходимости, и их создание не зависело от политической воли конкретного человека. Однако не все приказы появились из Казны и Дворца. Часть из них произошла также в ходе эволюции, но из различных комиссий Боярской думы. Так, например, конкретному дьяку давалось поручение или приказ по конкретной отрасли управления, создавался штат подьячих, выделялось помещение – изба. Выполнение поручения обычно носило длительный характер и со временем в данном учреждении происходило сосредоточение дел и поручений близких по характеру. В результате, по мнению большинства ученых, в эпоху Ивана Грозного к середине XVI в. была сформирована система приказного управления. Хотя присутственные места, которые впоследствии стали именоваться приказами, начали учреждаться во времена Ивана III, но впервые слово «приказ» для обозначения присутственного места прямо встречается в Жалованной грамоте Великого князя Василия Иоановича Успенскому женскому монастырю в 1512 году: «… на их место в тех приказах будут иные дьяки».[68]
Данная система носила довольно непростой характер, приказы классифицировались и по роду решаемых в них дел, и по подсудности и управлению различными категориями населения, и по территориальному признаку и т. д. Зачастую было трудно разобраться к компетенции какого приказа относится решение того или иного вопроса. Великий русский историк В.О. Ключевский так охарактеризовал данную систему: «Так как приказы возникли не вдруг, по одному плану, а появлялись постепенно, по мере надобности, с усложнением административных задач, то распределение правительственных дел между ними представляется чрезвычайно неправильным и запутанным на наш взгляд, привыкший к строгой регламентации и точному распределению дел по существу. Потому чрезвычайно трудно, привести приказы в систему; указать основания распределения дел между ними».[69]
По тем же причинам, по мнению В.О. Ключевского, довольно затруднительна их классификация: «Систематическая классификация приказов вообще не удавалась их исследователям, как не удавалась она и их творцам, московским государям».[70]Существенной особенностью данного периода для Москвы являлась неразделенность функций городского и общероссийского управления. В XVI–XVII вв. не существовало конкретного органа или учреждения управлявшего непосредственно Москвой. Городом ведали: высшие органы государственного управления – царь, Боярская дума, боярские надворные комиссии; органы центрального управления – целый ряд различных приказов; а также органы сотенного и слободского управления.
Несмотря на то, что вся полнота российской власти в XVIXVII вв. принадлежала великому князю, а с 1547 г. – царю, он практически всегда советовался с лицами высшей аристократии – боярами, которые и образовывали Боярскую думу. В исторических источниках она имела название «Совет бояр», «Дума», Думцы», иногда «Дума бояр». Боярская дума носила законосовещательный характер, на ее заседаниях с великим князем (царем) обсуждались все вопросы внутренней и внешней политики, а принятое решение записывалось формулой «государь указал и бояре приговорили». Иногда монарх советовался с наиболее близкими к царю лицами, которые составляли ограниченный круг государственных деятелей. Этот совет назывался Ближней думой. С зарождением абсолютизма во второй половине XVII в. необходимость иметь более оперативный орган, чем Боярская дума стала приобретать все большее значение.