Руководство Москвой Боярская дума реализовывала через различные надворные комиссии, через доклады глав приказов, которым подчинялись московские слободы и сотни. При этом дела городского уровня в думе рассматривались также основательно, как и международные вопросы. На протяжении XVIXVII вв. роль Думы в управленческой практике постоянно возрастала. «Если в 1613 г. думные чины возглавляли треть всех центральных учреждений, в середине столетия – около половины, то в 1680-х гг. уже 80 % приказов».[71]
Когда царь покидал Москву, направляясь в окрестные монастыри на богомолье или лично осуществляя руководство войском в военных походах, за царем следовал почти весь состав Боярской думы. Например, из сохранившихся дневальных записок приказа Тайных дел известно, что «за период с 1657 по 1674 гг. Алексей Михайлович проводил за пределами Москвы более четверти своего времени».[72]
Тогда на время отсутствия царя для управления Москвой оставалась своеобразная боярская комиссия, состоящая из нескольких думных людей. Эти комиссии, которые В.О. Ключевский называл «временными верховными комиссиями», а в современной исторической литературе встречается такое наименование данного института власти, как боярские надворные комиссии,[73] наряду с функциями общего управления Москвой выполняли множество других дел – судебных, дипломатических, финансовых и т. д. Кроме того они контролировали деятельность всей приказной системы управления. К их компетенции также относилось выполнение полицейских функций по поддержанию общественного порядка в Москве, надзор за объезжими головами и руководство организацией пожарной безопасности в городе, охрана царского дворца и многое другое. Для надворной комиссии во дворце было отведено специальное помещение. С начала XVII в. ее заседания проходили в Столовой, иногда в Золотой палате. «В эту «комиссию» всегда входили один или два боярина и окольничий, состав других думных чинов в течение века менялся; в записные разрядные книги они записывались поименно».[74] Конкретный состав комиссий утверждался царем, а во главе ставился один из самых доверенных бояр. Почти все члены комиссий одновременно являлись приказными судьями из наиболее важных приказов.В период царствования Федора Алексеевича с 1676 по 1682 гг. им была несколько изменена структура органов верховного управления – 18 октября 1680 г. создана Расправная палата,[75]
которая возникла на основе временных надворных комиссий. Она осуществляла свою деятельность как высшая апелляционная инстанция на спорные дела всех других приказов. В отсутствие царя в Москве Расправная палата замещала думу по текущим делам управления, а по указу царя производила сыск и расследование по частным обвинительным челобитным. Палата стала как бы наследницей надворных боярских комиссий, она функционировала до 1718 г. и вошла в состав Юстиц-коллегии.Вместе с тем, комиссии были не единственным органом верховного управления Москвой во время отсутствия царя. Все важнейшие дела помимо главы комиссии докладывались судье разрядного приказа. Также продолжала деятельность Боярская дума, состоявшая на тот момент из тех бояр, кто не убыл с монархом. Поэтому во время царских отъездов весьма часто происходило взаимное дублирование работы властных органов, находящихся в столице. К тому же рассмотрение любого дела не происходило без доклада царю для его окончательного решения, что порождало отправку большого количества корреспонденции государю.
Наряду с верховной властью в рассматриваемый период существовали органы центрального управления как Москвой, так и всем государством. Ими являлись приказы.
По мере становления и развития приказного строя, формировалась иерархия приказов, которая не была неизменной.