Пользуясь большими разрывами в немецкой линии фронта, особенно на участках ответственности групп армии «Север» и «Центр», а также отсутствием значительных сил безопасности во вражеском тылу, советская сторона приступила к систематической работе по организации партизанского движения. Специально подготовленные кадры переходили от деревни к деревне и забирали мужское население, используя в качестве предлога закон о призыве на военную службу. Налаживалось снабжение партизан по воздуху; в партизанских отрядах вводилась военная дисциплина; в качестве инструкторов, советников и членов штабов туда направлялись кадровые офицеры. Пережившие 1941 г. и вновь созданные отряды переходили под прямой контроль советских органов: управление осуществлялось по радио и с помощью авиации. Создавались армейские и фронтовые штабы, контролировавшие деятельность партизанских отрядов. Если к ноябрю 1941 г. средняя численность партизанских отрядов составляла менее 100 человек, к февралю 1942 г. она почти удвоилась, а летом того же года стандартной партизанской частью стала «бригада» численностью 1 тыс. человек и более.
К концу лета 1942 г. партизанское движение стало значительной силой. Была завершена организационная работа; контроль в отрядах полностью перешел в руки советских органов. Общая численность партизан составляла от 150 до 200 тыс. человек. Партизанское движение стало важным фактором развития обстановки на фронте. В августе 1942 г. самые известные из партизанских командиров были вызваны в Москву для участия в общем совещании; при этом многим из них пришлось на самолетах преодолевать путь из глубоких немецких тылов.
Попытки советского руководства развивать партизанское движение во всех оккупированных немцами районах привели к неравномерным результатам. Примерно девять десятых всех партизанских сил были сосредоточены в тылах немецких групп армий «Север» и «Центр». При этом самая значительная концентрация партизанских отрядов приходилась на группу армий «Центр», особенно на лесистые районы севернее и южнее Брянска, а также большого выступа в районе Торопца. Там укрытием для партизан служили большие участки лесистой и болотистой местности. На Украине и в южных областях России до конца лета 1943 г. партизанское движение так и не приняло значительного размаха[104].
18 августа 1942 г. Гитлер, понимая, что партизанское движение вышло далеко за рамки незначительного локального фактора боевой обстановки, издал решительный приказ, получивший известность как Директива фюрера № 46. Приказ начинался следующим заявлением: «Зверства бандитов на Востоке приняли такой размах, который является для нас неприемлемым, поскольку угрожает стать серьезной опасностью для тылового снабжения и эксплуатации оккупированных территорий». Гитлер требовал покончить с партизанами до наступления зимы для того, чтобы «не допустить серьезных препятствий при проведении вермахтом операций в зимнее время». Он назначил рейхсфюрера СС Генриха Гиммлера ответственным за сбор и оценку информации о ходе антипартизанской борьбы; кроме того, Гиммлеру передавались все полномочия по организации операций против партизан на всех территориях, подчинявшихся гражданской администрации. Гитлер назначил начальника штаба ОКХ ответственным за проведение антипартизанских операций в прифронтовых районах, а также распорядился о том, чтобы резервные части, перебрасываемые на Восток, в качестве боевой подготовки задействовались для выполнения таких операций.
Сознавая, что партизанское движение нельзя обуздать одними только военными средствами, Гитлер в первый раз признал, что для успешного ведения борьбы с партизанами необходимо заручиться поддержкой населения на соответствующих территориях. Для этого было необходимо, во-первых, обеспечить ему достаточный жизненный уровень, чтобы люди не уходили в партизаны, и, во-вторых, создать стимул для активного сотрудничества с оккупационными властями, назначив значительные награды за такое сотрудничество. Кроме того, Гитлер впервые дал разрешение на формирование на оккупированных территориях частей по борьбе с партизанам и использование в них местного населения из числа военнопленных.