Вступив в должность, В. Бебутов весь отдался работе. Он часто был в разъездах, бывая в воинских подразделениях, сельских обществах. Много внимания уделял хозяйственным вопросам области, глубоко вникая во все дела, чего требовал от своих подчиненных. Он много общался с местным населением. Будучи ровным в обращении с людьми независимо от их социального положения, он вызывал всеобщее уважение.
Как управляющий областью В. Бебутов учитывал ее особенности. Дело в том, что в Кутаисе с незапамятных времен образовались три крупные группы народов: аборигены-имеретинцы, пришлые армяне-католики (пранги) и евреи (урия). Каждая из групп заселяла свой особый квартал.
В 1826 г. в его личной жизни произошло важное событие. Он вступил в брак с представительницей древнего армянского княжеского рода Марией Соломоновной Аргутинской-Долгорукой. Поскольку к этому времени отец умер, то посаженым отцом на свадьбе был сам командующий Отдельным Кавказским корпусом генерал А.П. Ермолов. Это лишний раз подчеркивало особое отношение генерала к своему бывшему адъютанту.
В это время обстановка в Закавказье начала резко обостряться. В Персии все ощутимее нарастал дух реванша по отношению к России, подогреваемый западными державами, стремившимися принизить роль России на Кавказе, да и на мировой арене. Наиболее воинственная часть персидской знати стала подталкивать шаха к возврату территорий в Закавказье, потерянных в результате войны 1804–1813 гг. В 1826 г. Персия начала войну с Россией за возвращение потерянных территорий. И это персы считали вполне реальным, поскольку войск в распоряжении генерала Ермолова было немного и разбросаны они были на огромной территории. При этом учитывалось и то, что войной России угрожала Османская империя.
С началом войны очень осложнилась обстановка в Закавказье. Определенную долю нервозности в среду военных и гражданских лиц внесло назначение в помощь генералу Ермолову командующим Отдельным Кавказским корпусом генерала И.Ф. Паскевича. Это в значителельной мере было следствием того, что Николай Павлович недолюбливал генерала Ермолова, а также задержкой присяги ему в Кавказском корпусе. Все понимали, что над ним нависла опала со стороны нового императора Николая I. Складывающуюся вокруг Ермолова ситуацию В. Бебутов очень переживал. Ему было искренне жаль опального генерала. В 1827 г. А.П. Ермолов покинул Кавказ навсегда, и его сменил генерал Паскевич. Но отношения В.И. Бебутова с Ермоловым сохранились до конца жизни последнего, несмотря на опалу всесильного генерала.
В.И. Бебутов не принимал непосредственного участия в войне с Персией, поскольку Имеретинская область была удалена от персидской границы. Русские войска наконец взяли сильнейшую крепость на Кавказе Эривань, к которой подступали неоднократно. Генерал Паскевич, снискавший лавры победителя, был награжден орденом Святого Георгия 2-й степени и получил прибавку к фамилии «Эриванский».
В это время все более неспокойно становилось на границе с Турцией, руководство которой решило воспользоваться тем, что Россия вела войну с Персией, поэтому и начала против нее военные действия. Турки также хотели взять реванш и возвратить территории, потерянные после войны с Россией 1806–1812 гг., восстановив свое былое влияние в Закавказье. В этих условиях, несмотря на то что русским войскам открывался путь на столицу Персии и нависла угроза ее полного разгрома, Россия вынуждена была срочно заключить с нею мир, чтобы не вести две войны одновременно.
25 марта 1828 г. В. Бебутов был произведен в генерал-майоры и назначен состоять при начальнике 22-й пехотной дивизии. С началом войны с Турцией ему пришлось выполнять важные поручения генерала Паскевича, занимаясь вопросами снабжения войск. 24 июля он привел из Грузии в лагерь под Ахалкалаки значительное подкрепление. Затем с войсками двинулся к Ахалциху, где 9 августа, участвуя в сражении под Ахалцихом, проявил хорошую распорядительность, мужество и героизм, способствуя поражению 30-тысячного турецкого корпуса. 15 августа он явился одним из главных участников взятия штурмом крепости Ахалцих. За отличия, проявленные при этом, он получил в награду золотую шпагу, усыпанную бриллиантами.