Поскольку Армянская область имела границу с Персией, то ее начальнику В.И. Бебутову приходилось много заниматься урегулированием пограничных вопросов. Имея большой опыт работы с персидскими чиновниками, он с присущим ему тактом и знанием дела добивался точного исполнения инструкции по окончательному разграничению российских и персидских владений, установлению границы. В 1833 г. за отличное проведение данной работы он получил от персидского шаха высшую награду государства – орден Льва и Солнца 1-й степени с алмазными украшениями.
Проявляя особую заботу об экономическом развитии области как основы благосостояния населения, В.И. Бебутов большое внимание уделял развитию сельского хозяйства, предпринимательства, народных промыслов. Он всячески поощрял внедрение всяких полезных новшеств. При нем был произведен 4 декабря 1830 г. первый посев марены, доставленной в Эривань из Дербента и хорошо здесь прижившейся.
1837 г. для Бебутова стал очень важным испытанием. Император Николай I, инспектируя в сентябре – октябре Кавказ, решил побывать в Армянской области и посмотреть на крепость Эривань, вокруг которой столько лет шла возня русских войск, которые никак не могли ее взять. И наконец, во время Русско-персидской войны войска под командованием генерала И.Ф. Паскевича взяли эту сильнейшую крепость, и она вошла в состав России.
Князь Бебутов, зная, что император берет в свой конвой для сопровождения молодежь из знатных родов, заранее подготовил такую группу людей из армянской молодежи. Причем, чтобы исключить любые случайности, он лично отбирал их не только по росту, внешнему виду, но и по уму, ловкости и преданности российскому престолу.
Император осмотрел Эчмиадзин, встретился с главой Армяно-григорианской церкви католикосом, с которым состоялась продолжительная беседа. Затем он осмотрел Эриванскую крепость. Везде его встречали толпы радостных людей, которые выражали императору свою искреннюю благодарность за освобождение их из-под власти Персии.
Во время пребывания императора в области В.И. Бебутов, несмотря на то что болел, хотел быть с императором рядом, чтобы всегда давать необходимые пояснения со знанием дела, зная обо всем, интересовавшем императора, в мельчайших подробностях. Но император, узнав о болезни начальника области, дал ему указание не сопровождать его.
Во время пребывания императора в области ему было подано много жалоб на злоупотребления местных властей. Берже так описывал данную ситуацию: «Во все это время стояла самая ненастная погода, а в день выезда государя из Эчмиадзина дождь лил как из ведра и до того испортил дорогу, что его величество, бросив экипаж, прибыл в Эривань верхом и в бурке. Направившись прежде всего в собор, он отслушал молебен и затем отправился в алтарь, где, между прочим, сделал замечание священнику за недостаточно бережливое хранение вещей, пожертвованных собору государыней Александрой Федоровной. Из собора его величество отправился в приготовленную для него квартиру в сардарском дворце, живописно расположенном на берегу реки Занги. Там, около пяти часов пополудни, был сервирован обед, за которым, кроме свиты, присутствовали барон Розен и другие высшие лица военной и гражданской администрации. Еще государь сидел за столом, как до него начинали доноситься из собравшейся около дворца толпы крики: „арзымиз вар коимирляр“, то есть „у нас есть прошения, но не пускают“. На вопрос императора, что это за возгласы, барон Розен отвечал, что это крики восторга по случаю приезда императора. Но император, будучи не удовлетворен этим объяснением, приказал графу Адлербергу разузнать сущность дела. Граф отправился и вскоре возвратился с кипою просьб, при ближайшем рассмотрении которых многие оказались пустого содержания и даже листами бумаги. По окончании обеда император лично отправился к толпе и в ходе продолжительной беседы выслушал много жалоб на полицейское и окружное начальство, в особенности на ряд окружных начальников. Не избежал нареканий и областной начальник В.И. Бебутов, в частности, за слишком обильное обременение жителей натуральными повинностями (которые, кстати, были утверждены императором), допущение злоупотреблений в местной администрации», что и было, по утверждению А.П. Берже, причиною смещения и отправки Бебутова в царство Польское, где он занимал должность коменданта Замойской крепости.
Здесь автор явно преувеличивает гнев императора против начальника области В.И. Бебутова, исходя из того, что В.И. Бебутов 4 апреля 1838 г. был назначен членом созданного совета Главного управления Закавказского края. После этого 2 мая 1840 г. он получил назначение состоять при Главном штабе действующей армии и 19 апреля 1842 г. назначен комендантом крепости Замостье. Но в целом император дал положительную характеристику генералу Бебутову. Именно по его рекомендации В.И. Бебутов был назначен членом Главного управления.