Но император не был удовлетворен положением дел в целом на Кавказе. После его отъезда начались перемены в руководстве на Кавказе. Совершенствовалась структура управления в Закавказье. Император выдвигал на должности тех, кого он увидел в работе при своем непосредственном общении.
Указом от 19 февраля 1838 г. был образован совет Главного управления Закавказским краем. 4 апреля 1838 г. князь В.И. Бебутов, как опытный администратор, был назначен членом совета Главного управления Закавказским краем. Работать ему пришлось уже с новым управляющим на Кавказе и командующим Отдельным Кавказским корпусом генералом Е.А. Головиным, который сменил отправленного в отставку барона Розена.
Как члену Главного управления Закавказского края В.И. Бебутову приходилось выполнять различного рода важные поручения, занимаясь гражданскими делами. За 8 лет пребывания в Армянской области он досконально изучил все стороны гражданского управления, поэтому ему не понадобилось продолжительного времени, чтобы войти в курс дела.
Летом 1838 г. в Ахалцихской провинции появилась чума, которая была занесена с сопредельной турецкой территории. Местные власти принимали меры по недопущению заразных заболеваний и ее прекращению в местах появления. В самом Ахалцихе 19 июля умерла женщина, а 23 июля и ординатор военного госпиталя Генкель, который лечил заболевшую. В то же время он заболел сам. В связи с этим всем начальствующим в Ахалцихской области было дано предписание об учреждении временного карантина на сообщении с Гурией, восстановлено действие временного карантина в Багдаде, учреждена кордонная линия между Александрополем и Ахалкалаки с тем, чтобы все едущие в Грузию направлялись в александропольский карантин. Были устроены карантины в других местах.
Для оказания помощи недавно назначенному начальнику Ахалцихской области генералу Клюки фон Клугенау, которому трудно было сразу быстро разобраться в обстановке в Ахалцихе, в конце августа был послан для распоряжений член совета Главного управления Закавказским краем князь Бебутов с чрезвычайными полномочиями. Видимо, при этом учитывали то, что он в свое время управлял пашалыком. Ему было поручено принять все необходимые меры по недопущению распространения и проникновения чумы в смежные территории: Грузию и Имеретию. Кроме того, в район распространения чумы были командированы два медика из врачебной управы и два военных медика для выполнения медицинских обязанностей при вновь учрежденных карантинах, для оборудования которых также высланы 200 палаток. Также были назначены по офицеру на комиссариатские должности и по 20 рядовых и унтер-офицеру для содержания караулов.
Прибыв в Ахалцих, В.И. Бебутов повел себя очень тактично по отношению к новому начальнику не только в силу своего характера, но и потому, что знал взрывной характер Клюки фон Клугенау, человека безумной храбрости и резкого в отношениях с людьми, особенно когда это задевало его самолюбие. Отношения с генералом у них установились хорошие, деловые. В этом, как ни странно, ему оказал большую помощь адъютант Клюки фон Клугенау капитан Евдокимов, человек выдержанный, благоразумный, имевший большое влияние на генерала и нередко сдерживавший его во время вспышек гнева. Сочетание напористости Клюки фон Клугенау и тактичности В.И. Бебутова сыграло важную роль в борьбе с разраставшейся эпидемией. Князю Бебутову большую помощь в этом оказывало знание провинции и ее людей.
Вокруг Ахалцихской провинции была учреждена кордонная линия из пехотных войск и казаков. Все пограничные карантины, существующие в Ахалцихской провинции и временно учрежденные, были снабжены необходимыми очистительными материалами. Вся корреспонденция, поступавшая в Тифлис из других районов Закавказья, тщательно очищалась во временных карантинах. Начальнику Ахалцихской провинции было вменено доносить каждые три дня о ходе борьбы с чумою и о том, как выполняются данные ему предписания.
В Ахалцихе сработали очень хорошо с учетом того, что здесь пригодился большой опыт административной работы Бебутова, знание местных обычаев и умение воздействовать на население, среди которого было немало тех, кто хорошо помнил начальника пашалыка генерала В.И. Бебутова. Вскоре заболеваемость чумой в пашалыке пошла на убыль. Чумная зараза, к удовлетворению всех, была уничтожена. К 28 сентября в ахалцихском карантине оставалось всего три человека. В связи с этим было снято оцепление в пашалыке, а вскоре и карантин. Это лишь один из эпизодов, которыми приходилось заниматься В.И. Бебутову, работая в Закавказском управлении, где он пробыл два года, показав себя с наилучшей стороны.
2 мая 1840 г. генерал-майор В.И. Бебутов, в знак признания его заслуг, был возвращен в армию и назначен состоящим при Главном штабе действующей армии в царстве Польском. Видимо, это случилось не без участия фельдмаршала И.Ф. Паскевича.