В Эчмиадзине Александр Николаевич был встречен с подобающими почестями католикосом всех армян и большой группой монахов-священнослужителей, толпами народа. Между католикосом и цесаревичем состоялась обстоятельная беседа. Цесаревич с интересом осмотрел монастырь, его сокровищницы, уникальную библиотеку с небывалым количеством рукописей, которая произвела на него неизгладимое впечатление. Здесь он более основательно познакомился с богатой историей армянского народа, полной героизма и трагических страниц. Затем католикосом был дан торжественный ужин в честь наследника престола, который прошел в небывало теплой обстановке. За ужином продолжался обмен мнениями о политике России на Кавказе, о судьбах армянского народа.
На следующий день после завтрака цесаревич, провожаемый католикосом, священнослужителями, населением, отбыл в Эривань, где его встречали тепло не только горожане, но и жители окружающих селений. Всем хотелось собственными глазами увидеть русского цесаревича. Это было прежде всего выражением благодарности сыну императора, войска которого освободили армян от персидского засилья. Разговаривая с людьми, цесаревич видел, с каким уважением население Армении относилось к В.И. Бебутову, не только как к армянину, но и человеку, много сделавшему для области, будучи ее начальником. В Эривани Александр Николаевич принял чрезвычайного посла Персии Азис-хана, специально прибывшего сюда и приветствовавшего его от имени шаха. Вечером местное дворянство устроило традиционный прием в честь представителя российского императорского дома, чем выразило свое особое почтение.
Затем наследник направился через Елисаветполь и Шемаху в город Баку, который осмотрел. Потом через незамиренный Дагестан цесаревич отправился на левый фланг Кавказской линии, куда через Владикавказ прибыл выздоровевший наместник князь М.С. Воронцов, чтобы лично сопровождать наследника по Северному Кавказу.
После встречи с М.С. Воронцовым князь В.И. Бебутов возвратился в Тифлис и приступил к исполнению непосредственных обязанностей и рассмотрению дел, которых за время отсутствия накопилось немало. А наследника по Кавказу сопровождал уже М.С. Воронцов, который значительно усилил конвой, поскольку пришлось проезжать мимо неспокойной Чечни. М.С. Воронцов очень боялся за безопасность наследника, потому что Шамиль мог использовать его проезд как удобный момент напасть для того, чтобы захватить цесаревича в плен.
После отъезда цесаревича возвратившийся в Тифлис М.С. Воронцов рассказывал В.И. Бебутову о том, как великий князь участвовал в боевой схватке с горцами, приняв боевое крещение. Он также сказал о том, какой пережил страх, боясь за жизнь наследника. М.С. Воронцов немедленно отправил императору сообщение об участии цесаревича в схватке с горцами, проявленном им героизме и самообладании и ходатайствовал о награждении его орденом Святого Георгия 4-й степени. Император с удовольствием удовлетворил ходатайство князя Воронцова и наградил сына столь почетным военным орденом.
Общение князя Бебутова с цесаревичем не прошло для него бесследно. Наследник престола не скрывал этого. Всем стало известно, что князь произвел на него большое впечатление как личность и как работник: своим знанием дела, поведением, обращением с людьми, которые помнили его в Имеретии, Ахалцихе, Эривани через многие годы. Отмечая управленческую деятельность В.И. Бебутова, император пожаловал ему 2 сентября 1851 г. алмазные знаки к ордену Святого Александра Невского и бриллиантовую табакерку с портретом наследника. В конце 1850 г. жена Бебутова Мария Соломоновна была награждена императрицей с согласия Николая I орденом Святой Екатерины 2-й степени, став кавалерствующей дамой. Произошло все это не без участия Александра Николаевича, который по возвращении в Петербург дал императору весьма лестную характеристику князю Бебутову и как человеку, и как администратору. Через год Василий Иосифович получил знак отличия беспорочной службы в офицерских чинах. Одновременно ему была пожалована ежегодная аренда в 2000 рублей на 12-летний срок.
В.И. Бебутов в своей деятельности всегда старался неукоснительно следовать закону, так как считал, что нарушение его влечет негативные последствия. Так, в январе 1853 г. пришли тревожные сообщения из Ставропольской губернии. Там восстали крестьяне в селении Маслов Кут, принадлежавшем помещикам Калантаровым. Это известие для начальника Главного управления князя Бебутова было неприятным не только в том отношении, что оно произошло, но и потому, что хозяевами имения были его соплеменники армяне Калантаровы, о которых давно шла худая слава в связи с плохим обращением с крестьянами. Руководство Ставропольской губернии просило у наместника разрешения дозволить крестьянам села Маслов Кут работать сразу по неделе для себя и для помещиков, если обе стороны признают это для них полезным. Поскольку наместника на месте не было, то ответ пришлось давать В.И. Бебутову 22 июня 1855 г.:
«Господину Начальнику Ставропольской Губернии по Управлению Гражданской в ней частью.