Рождественский и раньше выступал с оркестром Гаука. Сын дирижера, Павел Гаук, вспоминает обстановку в артистической комнате после одного из концертов в Юрмале: «В памяти четко отпечаталась натянутая, ледяная атмосфера: чопорная, не смотрящая в глаза Наталия Петровна (мать Геннадия Рождественского. —
Второй раз Рождественский пришел в Большой театр в 1965 году уже главным дирижером. Это было очевидным взлетом для труппы: после Светланова нужна была фигура не менее заметная, а быть может, и более выдающаяся. Продержавшись на этом посту пятилетку, в 1970 году он вновь отдает все силы своему оркестру Всесоюзного радио. Однако в 1974 году его вынуждают покинуть ставший родным коллектив — председатель Гостелерадио СССР Сергей Лапин (известный борец за национальную и нравственную чистоту) потребовал от неуступчивого Рождественского уволить из оркестра всех евреев. Суть конфликта была в том, что за короткое время оркестр покинула группа музыкантов, эмигрировав в Израиль. Вот Лапин и предложил главному дирижеру — уволить «их» всех сразу и взять других, коренной национальности, пока весь оркестр не выехал на Землю обетованную. Рождественский отказался. Это сильно взбаламутило музыкальную общественность Европы, дав повод вражеским голосам к инсинуациям на фоне продолжающейся разрядки мировой напряженности. Лапин отвечал на запросы иностранных корреспондентов как ни в чем не бывало, мол, в нашей многонациональной стране нет «ни черных, ни цветных», и никто не может заставить советского человека уволиться с работы, тем более что право на труд гарантировано законом. Так что Геннадий Николаевич Рождественский уволился по собственному желанию, что в принципе соответствовало действительности. А на его место пришел сговорчивый Владимир Иванович Федосеев из Оркестра народных инструментов, при нем состав музыкантов, презрительно называвших нового главного дирижера «балалаечником» (а что плохого в балалайке?), серьезно обновился, как того и хотел председатель Гостелерадио.
Рождественский не остался без работы, устроившись музыкальным руководителем нового Московского камерного музыкального театра под руководством Бориса Покровского (по его же предложению), где поставил оперы «Нос» Дмитрия Шостаковича и «Похождения повесы» Игоря Стравинского. «Нос» был записан на пластинку — редко в какой интеллигентной московской семье она не встречалась. В 1978 году Рождественский вновь возвращается в Большой театр дирижером, опять покинув его в 1982 году в знак протеста после увольнения Покровского, подкрепив свой протест возмущенным письмом министру культуры Петру Демичеву. С 1982 года десять лет он возглавлял Государственный симфонический оркестр Министерства культуры СССР, а также дирижировал лучшими оркестрами мира. В Большой театр он вернулся художественным руководителем в сезоне 2000/01 года, окончательно оставив его после публикации открытого письма уже другому министру культуры, Михаилу Швыдкому. Видимо, министры культуры не всегда придают значение письмам главных дирижеров…