Между тем С. Н. Булгаков в одной из статей в связи с «Афонским делом» прозорливо писал: «Своими действиями Синод как будто хочет довершить давно уже происходящий разрыв нравственной связи между ним и церковным народом… Этот разрыв может не чувствоваться, пока церковная власть прикрыта оградой государства, но это обнаружится тотчас же, как только по воле судеб разрушится эта ограда» (цит. по: 61, т. 1, с. 585). Февральская революция 1917 года, лишившая Церковь в России защиты государства, сделала очевидным этот разрыв, когда произошел массовый отказ русских людей от традиционного порядка церковной жизни, отчасти – и от самой Церкви.
После Февральской революции владыка Антоний вынужденно подал прошение об увольнении на покой. Его репутация «монархиста», «реакционера» и «черносотенца» была слишком хорошо известна, и захватившие власть либералы не желали терпеть такого архиерея на Харьковской кафедре. В мае 1917 года состоялось официальное увольнение с назначением места жительства в Валаамском монастыре. В тиши русского севера владыка пишет сочинение «Догмат искупления», впоследствии вызвавшее бурную полемику среди православных богословов. Основным в искупительном подвиге Иисуса Христа он признает Гефсиманское борение, а не крестное мучение на Голгофе, в чем протоиерей Георгий Флоровский усматривает «непобежденный привкус психологизма», «решительное уклонение от святоотеческого предания», «рассудочность и примитивность доводов, какое-то богословствование от здравого смысла, который упрямо насилует свидетельства Откровения» (191, с. 434, 435), а митрополит Вениамин (Федченков) видел там «еретическое искажение догмата Искупления» (61, т. 2, с. 454). Но недолгим оказалось уединение на Валааме. Уже летом 1917 года на епархиальном собрании в Харькове владыка Антоний был избран архиепископом Харьковским и Ахтырским и утвержден в этом звании Синодом.
1917 год стал рубежным для Русской Церкви не только в силу революционных потрясений. В августе открылся Поместный Собор Русской Православной Церкви. Владыка Антоний стал членом Собора по должности епархиального архиерея, но также был избран от монашествующих. На Соборе владыка был избран одним из шести товарищей (заместителей) председателя – митрополита московского Тихона (Беллавина) и председателем Отдела единоверия и старообрядчества. Фактически в глазах соборян он стал воплощением определенного направления в церковной жизни, не встречавшего одобрение у церковных либералов, характеризовавших его как «лидера крайне правого крыла и ярого сторонника сохранения привилегий епископата», а в политической жизни – «крайне правого, реакционера», «довольно узкого русского националиста» (126, с. 40, 131). Владыка принимал активное участие в обсуждении многих вопросов, всегда имея свое мнение и твердо его отстаивая. Например, при обсуждении вопроса о выборности духовенства, владыка Антоний выступил решительно против этого, утверждая, что в обстановке тогдашней смуты большинство прихожан будут выдвигать на приход себе подобных и удобных, а епископ не решится им противоречить. В конечном счете предложенная им формулировка вошла в утвержденный Приходской устав. Ожесточенные споры разгорались и по вопросам о выборе архиереев, о единоверии, о гражданском и церковном браке и др. (см. 198, с. 37–44).
Горячий характер владыки Антония сказался в том, что он, для привлечения сердец членов Собора к идее патриаршества, организовал две поездки членов Собора в находившийся в 60 верстах от Москвы Воскресенский Ново-Иерусалимский монастырь, создание Патриарха Никона, где прочитал лекцию о нем. При рассмотрении вопроса о восстановлении патриаршества владыка Антоний произнес одну из самых горячих речей, ведь то было дело всей его жизни: «Патриаршество всегда было живо в сознании народном», – утверждал архиепископ Антоний. Будучи избранным одним из кандидатов на пост Патриарха, он первым набрал наибольшее число голосов, но воля Божия оказалась иной. 5 ноября 1917 года из трех кандидатов путем жребия был избран не «самый строгий» (владыка Антоний) и не «самый ученый» (владыка Арсений Стадницкий), а «самый добрый» – митрополит Московский Тихон (Беллавин). А владыка Антоний 28 ноября был возведен в сан митрополита, 7 декабря избран членом Священного Синода.