На братской трапезе в день настолования Патриарха Тихона владыка Антоний произнес приветственное слово, в котором сказал: «Ты, Святейший Патриарх, дарован нам Божиим чудом, и в этом светлый залог благой надежды на то, что служение твое, невзирая на все скорби окружающей нас жизни, невзирая на то, что поставление твое совершено в священнейшем из русских храмов с пробитым артиллерийским снарядом куполом, что эта богохульная пробоина совершена русскою рукою, а не внешними врагами России и Церкви, – невзирая на все это, будет служением плодоносным для веры и благочиния, ознаменованное несомненным проявлением среди нас перста Божественного Промысла… То смиренное и в смирении своем величественное настроение души, которое ты обнаруживаешь во все эти дни, та спокойная преданность воле Божией и забвение своей личности, своей личной жизни – это лучший залог благого поспешения в самых трудных и важных событиях, уже не скажу своей жизни, но в событиях мировой истории, в которые ты вступил в сей месяц 1917 года» (4, с. 60).
Деятельность Поместного Собора была нарушена разгоравшейся в России гражданской войной. Одной из первых жертв ее стал митрополит Киевский Владимир (Богоявленский). 19 мая 1918 года на старейшую Киевскую кафедру был избран митрополит Антоний. В то время на Украине подняли головы сторонники независимости, считавшие необходимым автокефалию Украинской Церкви. Митрополит Антоний, как русский патриот, был решительным противником идеи «самостийной Украины», но принял предложенное Всеукраинским церковным Собором компромиссное решение об автономии Украинской Церкви при сохранении канонической связи с Патриархом Всероссийским. 22 июля 1918 года митрополит Антоний председательствовал на Украинском Соборе, когда было принято решение об автономии.
О дружеском характере отношений между митрополитом Антонием и Патриархом Тихоном свидетельствует их переписка. Так, 24 сентября 1918 года святитель Тихон писал в Киев: «Наш Собор закончился 7/20 сентября. Следующая сессия не определена, когда созвать ее, а может быть, и совсем не будет до весны 1921 года. Уж очень трудно жить и работать при настоящих условиях… Опричники расстреливают нас, как куропаток… Теперь многие из нас бегут к Вам, но Вы к нам подождите» (157, с. 662).
Довелось пережить ему и тюремное заключение: в декабре 1918 года петлюровцы арестовали владыку Антония вместе с архиепископом Евлогием (Георгиевским). Испытание оказалось нелегким. В Тернополе их поместили в гостинице. У обоих владык провизии и денег не было. «Еврей-хозяин давал нам горячую воду с картофелем вместо супа и немного хлеба. Таково было все наше питание, – вспоминал митрополит Евлогий. – Комнату еврей не топил. Стояли морозы. Мы коченели: зимние рясы в стужу согревать нас не могли» (50, с. 294). Их перевезли из Киева в униатский монастырь в городе Бучач, в котором при захвате города польскими войсками, владыки оказались под арестом у поляков. Несколько месяцев пришлось провести в католическом монастыре под Краковом, фактически – в унизительном плену, но в конце концов благодаря посредничеству французской военной миссии их освободили. У 65-летнего митрополита Антония был выбор: уйти на покой, затвориться в каком-нибудь монастыре или вернуться в полное тревог и опасностей бурление церковной жизни. Он избрал второе.
В сентябре 1919 года митрополит Антоний вместе с войсками генерала А. И. Деникина находится на Кубани, в Ростове, Киеве и Екатеринодаре. Он, как старейший и авторитетнейший из иерархов в Белой армии, был избран почетным председателем Временного высшего церковного управления юго-востока России. После поражения Деникина владыка уезжает было в Грецию, но в Крыму укрепляет свои позиции генерал П. Н. Врангель, близкий ему по взглядам на будущее России, и глава ВВЦУ обосновывается в Симферополе. В ноябре 1920 года, после окончательного поражения Белого дела, митрополит Антоний навсегда оставляет Россию.
В ноябре 1920 года в Константинополе русские архиереи, бежавшие с Белой армией, обсуждали свое будущее. Владыка Антоний поначалу полагал, что за границей деятельность русского ВВЦУ следует прекратить, а духовное окормление русских беженцев должны взять на себя Православные Поместные Церкви. Однако, узнав о намерении генерала П. Н. Врангеля сохранить русскую армию для возобновления борьбы с большевиками, митрополит передумал. Он, очевидно, проникся ощущением необходимости сохранения духовной опоры Белого движения, а быть может, вдруг увидел себя одним из его лидеров. Показательно, что в апреле 1921 года на съезде русских монархистов в Германии митрополит Антоний был избран почетным председателем Высшего монархического совета.