У владыки еще доставало сил и энергии не только на богослужение и официальные мероприятия. Он пытается защитить Церковь в России, активно борется с наглым обновленчеством. Летом 1922 года он направляет главам Поместных Православных Церквей послание: «Российская Православная Церковь, поверженная в тяжкие бедствия, радоваться о Христе Боге желает и, открывая свои глубокие раны, указуя на 28 могил убиенных своих архиереев и свыше тысячи убиенных иереев и сотни тысяч мирян, убиенных за благочестие, взывает к Вам словами Иеремии:
Эти послания митрополита Антония сыграли свою роль и побудили многих европейских церковных и политических деятелей выступить в защиту Патриарха Тихона. Кремлевские правители, уже подготовившие судебный процесс над Патриархом с неизбежным расстрельным приговором, весной 1923 года оказались вынужденными отступить.
Между тем обновленцы при помощи чекистов укрепили свое положение в стране и в сентябре 1923 года направили на имя митрополита Антония обращение, в котором… лишали его священного сана и «всяких прав на какое-либо управление церквами». Ответное послание владыки Антония было адресовано «именующему себя Митрополитом Евдокимом – Василию Ивановичу Мещерскому», которого он, еще будучи молодым ректором Московской Академии, в 1894 году постригал в монашество. «В ответ на Ваше дерзкое письмо посылаю Вам постановления Заграничного Православного Русского Синода, из коих видно, что Вы и Ваши товарищи по преступлениям, как явные нарушители и попратели канонов, уже по самым делам своим лишены сана… Все вы с вашими последователями вовсе отлучены от Св. Церкви Собором Заграничных Русских Иерархов… Покайтесь: ведь жить осталось нам немного; хотя Вы и мой ученик и, увы, постриженик, но и Вам 55 лет скоро исполнится, а при своих слабостях очень долго жить не будете, и на суде Божием ни евреи, ни попы-нигилисты за Вас не заступятся» (103, т. 5, с. 132–133). В октябре 1924 года по инициативе митрополита Антония Архиерейский Собор выразил протест Константинопольской Патриархии в связи с признанием ею обновленческого Синода высшим церковным управлением в России.