Вслед за испытанием последовала радость. 24 мая 1920 года архимандрит Иларион был наречен во епископа и принял на себя трудный крест архиерейского служения, втройне тяжкий в условиях объявленной большевиками войны против Церкви. В своем слове при наречении архимандрит Иларион сказал: «Среди ветров лжеучений, среди мутных, яростных волн злобы, лжи и клеветы неистовых врагов как скала стоит Церковь, та Русская Православная Церковь, о которой так любили недавно повторять, что она в параличе, что лишь полицейской силой государства держится она. Но вот силы государства направились против Церкви, и наша Церковь дала больше мучеников и исповедников, нежели предателей и изменников. Наблюдая все это и размышляя над всем этим, чувствую я, что
Времени свободного у епископа Илариона почти не стало после поручения ему значительной части обязанностей по управлению Московской епархией. Он объезжал приходы, и в 1920 году служил он почти ежедневно утром и вечером, иногда произнося за день по две проповеди, побывал в храмах и монастырях Верейского уезда, при этом продолжая читать лекции студентам МДА. «Совсем потерял свободу, – писал владыка родным. – Будто арестант, прикованный к своей тачке, – так и живу. Не только дней нет свободных, нет и часа свободного, когда мог бы я заняться тем, чем хочется, а не тем, что нужно к спеху. Уж хоть бы в Бутырку на отдых взяли. Это единственная доступная нам дача или санаторий» (42, т. 54, с. 408).
В свободные дни владыка принимал людей, несших к нему свои насущные проблемы и беды. Владыка ободрял колеблющихся, укреплял малодушных, поддерживал ревнителей православного церковного строя. Пламенный проповедник, умевший говорить просто и эмоционально, «он пользовался огромной популярностью среди московского духовенства и буквально обожанием народа».
В условиях большевистской власти он был верен Церкви и в большом и в малом. Например, осенью 1921 года обратился в новую советскую организацию Главмузей, захватившую контроль над всеми культурными ценностями России (ее главой была жена Троцкого, Наталья Седова) с просьбой о предоставлении Владимирского образа Божией Матери для богослужения. Вместо иконы он получил повестку в суд за «оскорбление Советской власти», правда, тогда суд его оправдал.
Патриарх Тихон сделал его своим первым помощником. Еще в 1919 году архимандрит Иларион возглавлял делегацию Русской Церкви на совещаниях с католическими духовными лицами. На опасения верующих, не приведут ли совещания к соединению Церквей, ответил иронически и многозначительно: «Эти собрания проходят под моим председательством, а потому от них вряд ли может быть положительный результат. Впрочем, если Рим покается, то…». Намного большее значение имела для молодого владыки апология христианской веры. На начинавшихся в те годы религиозных диспутах епископ Верейский Иларион смело возражал коммунистическим агитаторам, силой веры и пламенностью слова неизменно вызывая поддержку аудитории. Собратья-архиереи стали называть его «Иларион Большой».
Большевики по-своему «оценили» активность молодого архиерея: 22 марта епископ Иларион был арестован ГПУ по делу о сопротивлении декрету об изъятии церковных ценностей и помещен во внутреннюю тюрьму ГПУ. На следствии владыка Иларион заявил: «Предъявленные мне обвинения считаю совершенно голословными и ничем не обоснованными». Формально так оно и было, но у чекистов было свое обоснование его вины перед Советской властью: «Иларион устраивает в рабочих районах диспуты и, обладая большой эрудицией по богословским вопросам, дискредитирует выступавших против него оппонентов-рабочих», – сообщали осведомители. 4 марта 1922 года епископом Иларионом была произнесена проповедь, имевшая «явно выраженную тенденцию создать враждебное настроение среди религиозных масс против изъятия церковных ценностей», – сообщалось в ежедневном рапорте ГПУ для В.И. Ленина (19, кн. 2, с. 28).
23 июня 1922 года Коллегия ГПУ приговорила епископа Илариона к ссылке на один год в Архангельскую губернию. То было началом его длительного странствия мученика и страстотерпца. Он не пал духом, тяготился лишь запретом служить в храмах, в письмах к знакомым уверял не без иронии, что наслаждается свежим воздухом и покоем: «Маленькая комнатка… книжки и свободное время. Господь помог и здесь устроиться, так что можно жить без назойливых забот, а убожество обстановки нисколько не огорчает мою пролетарскую душу…».