Между тем кремлевские правители, помимо прямого давления на Церковь, использовали коварный маневр, вызвав церковный раскол. Возникшее движение «обновленчества» прямо поддерживалось чекистами. В мае 1922 года Патриарх Тихон был арестован. Самозваные церковные управители священники Александр Введенский и Владимир Красницкий вместе с епископом Антонином (Грановским) начали свои «преобразования», которые привели к глубокой смуте в умах части верующих и взаимной ругани «обновленцев». Владыка Иларион не мог не переживать случившееся: «Я могу быть равнодушен к моей собственной судьбе и жизни, – писал он в письме, – но дело Церкви мне всегда будет дорого и близко. Сейчас вижу только одно: сатана работает без передышки и завертел иных даже разумных людей. Правда, среди новых «деятелей» подавляющее большинство авантюристов и аферистов, от этих нечего и ждать, кроме глупостей, безобразия и озорства… Я же надеюсь к грехам своим не прибавить еще отступничество, хотя бы и пришлось еще много путешествовать…».
В письмах из ссылки к собратьям он писал: «Со дна поднялись самые густые остатки грязи… Еще не все для себя выяснил, но уже вижу много глупости и низости, лжи и неправды… Во всем виновата, конечно, советская власть. Она искусственно создала расстройство церковного управления, арестовав людей, не имеющих никакого отношения к политике» (129, т. 22, с. 146).
По окончании срока ссылки владыка вернулся в Москву и 5 июля 1923 года освятил великим чином прежде захваченный обновленцами собор Сретенского монастыря. Возведенный в сан архиепископа, он вновь стал первым помощником Патриарха Тихона, которого в июне 1923 года власти были вынуждены освободить. Их первой задачей стало преодоление последствий раскола. За несколько месяцев пребывания на свободе – с 5 июля по 15 ноября 1923 года – владыка Иларион внес большой вклад в разоблачение организованного большевиками раскола в Церкви.
Быстро поняв церковную ситуацию, молодой епископ проводил переговоры с сотнями священников, монахов и мирян. Он разработал особый чин покаяния, принял десятки обновленческих священников, договорился с московскими приходами о чине их присоединения к Патриарху. «Благодаря неукротимой энергии этого человека церковная организация в Москве была восстановлена в два дня», – писали церковные историки.
В те дни неизменно и всюду Святейшего Патриарха сопровождал епископ Иларион. На патриарших богослужениях он выступал с проповедями, в которых без робости касался актуальных церковных проблем, пламенно призывая пастырей стать вождями народа, который ожидает от них слов правды и любви. После публичного покаяния митрополита Сергия (Страгородского) в августе 1923 года в Донском монастыре именно владыка Иларион подал ему белый клобук. Разъяренные обновленцы поспешили направить донос на Лубянку, сообщая, что выступления епископа Илариона в московских храмах «носят явно контрреволюционный и погромный характер… Открыто ведутся речи о необходимости погрома евреев и прочее, что первый враг русского народа – Советская власть, а второй – обновленческое церковное движение… Если его явно контрреволюционной деятельности не будет положен предел, то неизбежны общественные беспорядки и избиение церковных обновленцев».
По благословению Патриарха епископ Иларион принял на себя тяжкую и неблагодарную роль посредника в делах с властью, точнее – с ОГПУ, по вопросам церковно-государственных взаимоотношений. Высокообразованный богослов вел беседы с начальником 6-го отделения Секретного отдела ОГПУ Е. А. Тучковым, закончившим всего четыре класса школы, зато летом 1917 года вступившего в партию большевиков и в 1919 году в Уфимской ЧК начавшего свою борьбу с «церковниками». Тучков быстро убедился в талантах своего оппонента, тем более что по докладам агентов, к осени 1923 года у обновленцев в Москве и губернии осталось несколько десятков храмов – большая часть вернулась под омофор Патриарха.
На переговорах с обновленческими лидерами владыка Иларион был готов проявить гибкость, но отказался пойти на принципиальные уступки ради скорейшего достижения церковного мира. В августе 1923 года из-за провокационного поведения вождей обновленчества переговоры об условиях их возвращения в патриаршую Церковь были прекращены.
17 августа 1923 года владыка Иларион прочитал в Политехническом музее трехчасовую лекцию «Тихоновцы и обновленцы: что их разделяет?». 4 сентября в том же зале состоялся диспут на тему: «Обновленческий Собор 1923 года». Владыка Иларион указал на очевидные факты: обновленческие лидеры использовали с самого начала ложь, подлог и грубое нарушение церковных канонов. После доклада владыки, закончившегося аплодисментами всего зала, в качестве оппонентов выступали обновленцы, успеха не имевшие.