Уже в 1780 году Екатерина II называла масонскую литературу «глупостями и нелепостями» [Екатерина II 1878: 62]. К середине 1778 года «глупости и нелепости» встревожили ее до такой степени, что она написала три пьесы против масонов, велев поставить их в Петербурге: «Обманщик» (1785), «Обольщенный» (1785) и «Шаман Сибирский» (1786). Сатирический настрой пьес был легким, но Екатерина тем не менее хотела высмеять масонство как модный предрассудок, разрушающий общество. В пьесе «Обольщенный» масон Радотов утверждает, что безразличен к страданиям, что с помощью алхимии и тайн своего братства он открыл путь к духовному счастью. Но видя его стоицизм и странные рассуждения, семья начинает думать, что он сошел с ума. Его решение выдать двух дочерей замуж за неподходящих женихов приводит семью на грань разорения. Мораль пьесы в том, что похвалу следует направлять «одним тем, кои не бредом, но здравым рассудком от прочих отличались» [Екатерина II 1893, 1: 275]. Хотя антимасонские пьесы Екатерины были поставлены в Петербурге, а не в Москве, адресованы они были масонам всей России и Европы. Поэтому уже вскоре после премьеры она велела перевести их на французский и немецкий языки.
Одновременно с написанием пьес Екатерина выступила против Московских масонов по двум фронтам. В октябре 1785 года она пыталась установить государственный надзор над религиозным содержанием учебных программ московских частных училищ. Начала она с того, что велела проверить школьные учебники на соответствие православной доктрине. По итогам расследования был издан циркуляр, согласно которому после августа 1786 года можно было пользоваться только теми учебниками, которые одобрило правительство. Хотя ни расследование, ни новая образовательная политика прямо не затрагивали Новикова, он ощутил их влияние, поскольку значительную часть доходов Типографической компании приносила продажа школьных учебников. Второй фронт был открыт в декабре 1785 года, когда Екатерина поручила московскому губернатору Я. А. Брюсу и архиепископу Платону (Левшину) «книги его типографии освидетельствовать: не скрывается в них ли умствований, несходных с простыми и чистыми правилами веры нашей православной и гражданской должности» [Новиков 1951: 579]. Самого Новикова архиепископ Платон должен был допросить и выяснить, православный ли он по религиозным взглядам или же еретик. Власти описали 461 наименование книг из магазина Новикова и отправили по одному экземпляру каждой книги Платону для ознакомления.
Результаты официального расследования издательской деятельности Новикова были неоднозначными. Из всех рассмотренных изданий только 22 были отнесены к подозрительным, и лишь восемь из них были признаны оскорбительными в религиозном или политическом отношении. Шесть наименований были изъяты из продажи. На время расследования предпринимательская деятельность Новикова была приостановлена, а сам он оказался на грани банкротства [Jones 1984: 186, 189–100]. Исход личного собеседования архиепископа Платона с Новиковым был, на первый взгляд, более благоприятным. Платон написал императрице: «молю Всещедрого Бога, чтобы не только в словесной пастве… мне вверенной, но и во всем мире были христиане таковые, как Новиков» [Новиков 1951: 579; Faggionato 2005: 197]. Хотя из-за характеристики Новикова, данной Платоном, императрице было затруднительно издать указ об аресте издателя, сам допрос был актом религиозного устрашения, что, несомненно, понимал Платон. Устрашение продолжилось в 1787 году, когда митрополит Гавриил начал второе расследование по поводу изданий Новикова. В том же году императрица издала указ, запрещающий продажу любых религиозных книг, напечатанных вне Синодальной типографии. В результате были конфискованы 166 наименований книг из университетской типографии Новикова и его Типографической компании, а ему самому было публично объявлено о императорской немилости [Faggionato 2005: 204–206]. В октябре 1788 года Екатерина через губернатора Брюса сообщила Новикову, что его договор на управление университетской типографией не будет возобновлен.