Приговор Новикову состоял из шести пунктов: 1) проведение тайных собраний; 2) подчинение герцогу Брауншвейгскому; 3) тайная переписка с принцем Гессен-Кассельским и прусским министром иностранных дел; 4) попытки завлечь в свою секту царевича Павла; 5) издание книг, противоречащих православию; 6) учреждение религиозной иерархии вне православной церкви. Как отмечает Фаджонато, три из этих обвинений (2, 3 и 4) относились к политическим преступлениям, а три других (1, 5 и 6) – к религиозным. Таким образом, если воспринимать эти обвинения всерьез, следует признать, что Новиков был наказан как лицо, угрожающее политическому и религиозному устройству.
Помогают ли ответы Новикова на допросе точнее понять его политическое мышление? Отвечая на обвинение в принадлежности к антиправительственной секте, Новиков показал, что «по тихости и чувствительности… нравственного характера… всегда всякими изменами, бунтами, возмущениями гнушался и без внутреннего содрогания и отвращения не мог ни слышать об них, ни читать» [Новиков 1961: 422]. Он также рассказал, что в 1770-х годах, когда он впервые заинтересовался масонским учением, он считал истинным масонством «то, которое ведет посредством самопознания и просвещения к нравственному исправлению кратчайшим путем по стезям христианского нравоучения». Масонство, которое ставит политические цели, он считал ложным и считал недопустимым политически окрашенный подтекст в словах «вольность» и «равенство» [Новиков 1961: 425]. Эти утверждения не так просто истолковать. Если воспринимать их буквально, то они, скорее всего, точно отражают мировоззрение Новикова: он стал масоном в 1770-х годах, когда в масонских ложах состояли многие высокопоставленные чины, и немногие масоны чувствовали несоответствие между своей склонностью к филантропии и христианским предписанием «любить ближнего». Кроме того, он не был разжигателем революции и не требовал публично отмены дворянских званий, социальной иерархии и т. п. Однако возможно, что Новиков по наивности не понимал, что его надежды на социальную справедливость в России легко можно истолковать как подстрекательство. Поскольку экономика России и уклад сельской жизни зависели от крепостного права, его критика крепостной системы могла быть воспринята как призыв к «революционным» социальным преобразованиям. Новиков почти наверняка лицемерил, не желая признавать выводы из этической системы, которые он изложил в «Утреннем свете». В конце концов, безоговорочно утверждая человеческое достоинство, он не мог не понимать, что оно подразумевает перестройку русского политического тела по принципам социального равенства. Но он предпочел не говорить с Шешковским о грандиозной программе, изложенной в «Новом начертании истинной теологии», а также о своих разногласиях с ней.
Хотя и Екатерина, и Новиков мыслили в широком русле просветительства, их политическое ви́дение отличалось. Императрица хотела создать рациональное полицейское государство, построив его «сверху» при некоторой помощи собственного дружеского круга. Новиков же стремился к справедливому обществу, основанному на взаимозависимости, добродетели образованных классов и на признании всеобщего человеческого достоинства. Сотрудничество Екатерины и Новикова было возможным в течение двух десятилетий с середины 1760-х до середины 1780-х годов. Однако императрица прервала его, как только увидела в масонстве угрозу Церкви и государству.