Кампания против русских масонов, начавшаяся в 1785 году, уже к концу 1788 года фактически разрушила издательскую империю, которую Новиков кропотливо строил в течение предыдущего десятилетия, и привела к приостановке большей части общественной деятельности масонов в Москве. Но Екатерина еще не разобралась с Новиковым. В феврале 1790 года она назначила князя А. А. Прозоровского московским губернатором, а в марте приказала ему расследовать деятельность масонов [Faggionato 2005: 202]. Расследование Прозоровского сопровождалось демонизацией и очернением, направленным на дискредитацию масонов в московском обществе, и продолжалось до апреля 1792 года, когда в типографиях Новикова снова был произведен обыск, а сам Новиков был арестован. Изначально Прозоровский допрашивал Новикова по поводу религиозных книг, издаваемых масонами, и о том, почему эти книги якобы противоречат православной вере. Вскоре, по настоянию Екатерины, в допросах стала затрагиваться вся благотворительная деятельность Новикова, в которой императрица заподозрила корысть. Наконец, Новикова стали допрашивать непосредственно о его причастности к масонству, об иностранных связях масонов, их тайных обрядах и верованиях – иными словами, в масонстве заподозрили политический заговор [Faggionato 2005: 204–2062]. На этой стадии расследования Екатерина приказала перевести Новикова в Шлиссельбургскую крепость, где его допрашивал С. И. Шешковский, верный секретарь Екатерины и зловещий начальник тайной полиции, – он же допрашивал и Емельяна Пугачева, и Александра Радищева.
При чтении протокола допроса Новикова, проведенного Шешковским, поражает бесчестность допросчика и его явная злоба к Новикову. После рассказа о недолгой служебной карьере Новикова в протоколе следует комментарий Шешковского: «Можно сказать, что нигде не служил, и в отставку пошел молодой человек, жил и занимался не больше как в ложах, следовательно, не исполнил долгу служением ни государю, ни государству» [Новиков 1961: 422]. Новиков показал, что не подозревал «в масонстве быть секте или какому-нибудь расколу, противному государственным узаконениям», на что Шешковский заметил: «Говорит он, что-де я никак не думал, чтоб масонство было противно правительству. Сие самое доказывает, что он не мыслил о повиновении, а меньше о исполнении положительных государственных законов, коими точно всякие тайные сборищи запрещены» [Новиков 1961: 440]. Поскольку ни Екатерина, ни Шешковский не допускали предположения о невиновности Новикова, его окончательное осуждение было предрешено. 1 августа 1792 года императрица приказала заключить Новикова в тюрьму, ссылаясь на «вредные замыслы сего преступника и его сообщников, духом любоначалия и корыстолюбия зараженных, с другой же, крайнюю слепоту, невежество и развращение их последователей». Срок тюремного заключения Новикова составил 15 лет, что было крайне суровым приговором ввиду недостаточности улик против него. Выдающийся литературовед И. З. Серман отмечал, что Радищеву присудили «только» десятилетний срок, на пять лет меньше, чем Новикову, хотя вина Радищева была несомненна [Серман 2008: 346].
Пытаясь объяснить несоразмерность наказания Новикова, Серман обратил внимание на тот факт, что процесс над Радищевым происходил в июле 1790 года. Французская революция еще не вступила в радикальную фазу, и Екатерина «испытывала в тайне, особенно поначалу, нечто вроде злорадства» по поводу злоключений французского короля [Серман 2008: 347][82]. Новикова судили двумя годами позднее, в августе 1792 года, когда Людовик XVI фактически уже находился под домашним арестом в Тюильри. (13 августа Людовик был арестован и отправлен в Тампль, где пребывал в заточении до суда и казни в январе 1793 года.) К концу лета 1792 года Екатерина была крайне встревожена событиями французской революции.
Как полагает Серман, Екатерина опасалась, что Новиков и другие московские масоны поддерживают тайные сношения с иностранными (прусскими) властями и связаны с гатчинским двором царевича Павла. Она могла подозревать, что Новиков руководит в Москве тайным заговором с целью ее свержения [Серман 2008: 348; Каменский 1992: 399]. Также императрице могли не понравиться меры Новикова по борьбе с голодом в 1787 году: он оказал помощь голодающим крестьянам Московской губернии, когда сама Екатерина совершала поездку по Новороссии [Серман 2008: 350]. Наконец, Серман утверждает, что императрица просто не понимала Новикова: если Радищева она поняла по-своему, увидев в нем высокомерного и корыстного человека, недовольного своей служебной карьерой, то Новиков, с его достоинством, самодисциплиной и независимым умом, оставался для нее загадкой. Екатерина была бы рада объяснить политические интриги Новикова его корыстолюбием, и он даже был допрошен на предмет присвоения пяти тысячи рублей, пожертвованных на помощь голодающим. Однако ни показания Новикова, ни другие улики не подтвердили ее подозрений [Серман 2008: 351–352].