Намерение сей книги на каждом листе видно; сочинитель оной наполнен и заражен французским заблуждением, ищет всячески и выищивает все возможное к умалению почтения к власти и властем, к приведению народа в негодование противу начальников и начальства.
Он же едва ли не мартинист; или чево подобное, знание имеет довольно, и многих книг читал. Сложения унылаго и все видит в темначерном виде, следовательно, чернажелтаго вида. Сие примечание зделано при 30 странице [Радищев 1907, 2: 301].
Екатерина не могла заставить себя поверить утверждению Радищева, что помещики плохо обращаются с крепостными так близко от столицы, или что начальник берегового патруля способен не обратить внимания на тонущее близ берега судно. Она восклицает: «Ситации 36 страницы доказывает жестоко устремленная мысла сочинителя, il cite un fait atroce, которое произшествие тут не идет». Ее возмутило сравнение происшествия на берегу со смертью англичан в жаркой калькуттской тюрьме, о которой сообщил Рейналь.
Автора «Путешествия» он заподозрила в затаенной личной обиде на правительство, в том, что у него «неблагодарное сердце» [Радищев 1907, 2: 301]. Если Радищев видит своего путешественника как разоблачителя скрытой истины, то Екатерина считает его ненормальным и опасным фантазером, чьи внутренние демоны побуждают его выдумывать «реалии», которые он критикует.
Императрица возразила на его порицание резни, которую Иван IV устроил в Новгороде: «Говоря о Новгороде, о вольном ево правлении и о суровости царя Иоана Васильевича, не говорит о причине сей Казни, а причина была, что Новгород, приняв Унию, предался Польской Республики, следовательно Царь казнил отступников и изменников, в чем по истине сказати меру не нашел» [Радищев 1907, 2: 302].
Екатерина считает, что автор книги несправедливо критикует российскую систему чинов, «…противу двора и придворных ищет изливать свою злобу; злословия сия он выудил из книг отчасти, на которых придворные никогда не ответствовали, а доводы довольно однакоже сыскать можно уменьшающия порицание». Она добавила, что эта критика лицемерна, поскольку автор признавал, что простые люди и сами предавались чинопочитанию: «…сочинитель сам себе противоречит, ибо показывает склонности человека низкова состояния тогда, когда по ево системы (нынешно французской) все состоянии определены быть равны под имяни человека и ево мнимыя права» [Радищев 1907, 2: 303]. В последующих комментариях императрица замечает, что Радищев пишет «о уничтожении придворных чинов», по примеру Франции [Радищев 1907, 2: 306].
Екатерина была весьма недовольна сценой из «Путешествия», где стареющий отец рассказывает о своей философии воспитания, которая «служит к разрушению союзу между родителей и чад и совсем противны закону Божию, десяти заповедям, святому писанию, православию и гражданскому Закону» [Радищев 1907, 2: 305]. Философию воспитания, изложенную Радищевым, она сочла плодом нетерпимости к установленному порядку, «особым умствованием», взятым «из разных полумудрецов сего века, как то Руссо, аббе Рейналя и тому гипохондрику подобные» [Радищев 1907, 2: 304]. Императрица обвиняла Радищева в том, что тот проповедует ложное понятие о добродетели, основанной на сердце, а не на разуме: «Сочинитель говорит: вопросите ваше сердце, оно есть благо. Что вещает оно, то и творите; а разсудку следовать не велит. Сие предположение не весьма верно быть может». Екатерина также возражала против идеи, что добродетель необходимо ставить выше закона: «…дается правил предпочесть добродетель всему, но в чем добродетель состоит, сие тут не известно осталось» [Радищев 1907, 2: 304]. В отношении религиозных взглядов Радищева Екатерина отметила, что он «совершенной деист», взгляды которого «несходственны православному восточному учению» [Радищев 1907, 2: 302].
Критически разобрав взгляды Радищева на почтение к чинам, социальное равенство и религию, Екатерина стала опровергать его оправдание убийц жестоких помещиков. Она писала, что ложный довод о праве на самозащиту, из которого «изливается яд француской», служит «к оправданию убийства».