Это решение создало прецедент для аналогичного исхода по делу некоторых из декабристов в 1826 году, а также по делу Достоевского и петрашевцев в 1849–1850 годах. Смертный приговор, вынесенный по обвинению в «мятежном» умысле, был театральным жестом монарха заменен на более мягкую меру наказания. Инсценировка казни в 1849 году сильно повлияла на Достоевского, описавшего ее в романе «Идиот». Как известно, переживания Достоевского могли сыграть роль в его предполагаемом «обращении» в 1850-х годах. Как ни удивительно, Радищев принял свою судьбу невозмутимо. Он переживал о своих детях, для которых в тюрьме написал трогательное завещание, но собственные страдания переносил стоически. Нет никаких свидетельств того, что его политические убеждения изменились под угрозой смертной казни, в опыте тюрьмы и сибирской ссылки. В его трудах, написанных после 1790 года, нашел продолжение и развитие ход мысли, заданный в «Путешествии из Петербурга в Москву» и в других ранних работах.
Указом от 4 сентября 1790 года Екатерина присудила Радищева к ссылке в сибирскую крепость Илимск «на десятилетнее безъисходное пребывание» [Радищев 1907, 2: 348]. Первая часть его этапа, до Нижнего Новгорода, была суровой: стояла глубокая зима, но узника заковали в кандалы и выдали скверную шубу [Бороздин 1907: xxxi]. Спустя год, в январе 1792 года, Радищев прибыл в Илимск – деревянный город на берегу реки Илим, областной центр, в котором была верфь для строительства небольших судов. После помилования в ноябре 1796 года Радищев оставался в Илимске до февраля 1797 года, когда переместился в свое имение Немцово в Калужской губернии. Лишь после августа 1801 года, когда Александр I даровал ему позволение ему жить в Петербурге, Радищев вновь обосновался в имперской столице. Таким образом, его изгнание из политической жизни России затянулось на десятилетие.
В Илимске власти ограничивали деятельность Радищева: следили за ним внутри острога, перлюстрировали его переписку, запрещали публиковаться. Однако ему разрешали читать – он выписал в Илимск часть своей личной библиотеки, и через своего покровителя А. Р. Воронцова заказывал только что вышедшие книги и журналы на французском, немецком и английском языках [Бороздин 1907: xxxiv]. Власти также разрешали ему вести дневник, где он записывал впечатления о социальных условиях и частные размышления.
В своем кратком дневнике о пути в Илимск, во время остановок в придорожных трактирах, Радищев оставлял едкие замечания об условиях жизни: в Янгулове он отметил, что «у чуваш и черемис избы черные, но воздух здоровее нежели у русских в избах… Они холод любят, тараканов нет но много блох» [Радищев 1907, 2: 355]. В Юбари застали праздник, который состоял в том, «что все девки бабы и мужики ходят из двора во двор и пьют пиво, ходили до утра и перепились допьяна» [Радищев 1907: 356 ]. В Кунгуре он нашел оживленный базар, где «продают книги руские, прологи, чети минеи, Квинта Курция [возможно, «История Александра Великого» Квинта Курция Руфуса], физиогномия» [Там же, 2: 358]. В июле 1791 года он прибыл в деревню под Тобольском, где почти все были старообрядцами, а «мужики все зажиточные» [Там же, 2: 361]. В письме к Воронцову Радищев приводил доводы в пользу составления новой карты Российской империи, на которой Сибирь следует поделить на округи в соответствии с природными и демографическими особенностями ее областей: «Тогда бы из двух губерний вышла иногда одна, а из одной пять или шесть». По сибирскому дневнику Радищева видно, что он сохранил привычку критически воспринимать действительность и говорить правду: «я и ныне тщуся все видеть обнаружение, ни в микроскоп, ни в зрительную трубу», – писал он Воронцову [Радищев 1949: 496–497]. Ни в дневнике, ни в записях периода ссылки нет никаких свидетельств того, что Радищев изменил свои политические или философские взгляды.
Сразу после прибытия в Илимск Радищев начал писать философско-религиозное сочинение под названием «О человеке, его смертности и бессмертии». На титульном листе была помещена в качестве эпиграфа цитата из Лейбница («Настоящее чревато будущим») и надпись: «Начато 1792 года генваря 15. Илимск» [Радищев 1949: 273]. Радищев работал над ним с 1792 года до конца жизни, так и не закончив. Философ-идеалист И. И. Лапшин охарактеризовал его трактат как «одно из первых оригинальных русских философских произведений» [Лапшин 1907: vii]. Выдающийся историк философии Анджей Валицкий назвал сочинение Радищева «высшим достижением мысли русского Просвещения, понимаемой в строго философском смысле» [Walicki 2005: 86].