Суммировав всю информацию армии, флота и МИД, 2 марта японское правительство разработало, а три дня спустя Чрезвычайный комитет по изучению вопросов внешней политики утвердил новый курс в отношении российского Дальнего Востока. Поскольку декларацией от 2 августа 1918 г. Токио обязался вернуть свои войска из Сибири по завершении эвакуации Чехословацкого корпуса, японское правительство подтвердило это намерение, однако сделало оговорку, что из-за «полного перехода Владивостока под контроль экстремистов, возникновения серьёзнейшей угрозы сопредельной с нами Корее и опасностью дальнейшего вторжения этой группировки в Северную Маньчжурию» спланировало вывести соединения ВЭА из Забайкалья и Амурской области, но оставить гарнизоны в полосе КВЖД, Владивостоке и Николаевске-на-Амуре[534].
Данное решение кабинета министров принималось в обстановке строжайшей секретности, и, не зная о нём, контрадмирал Кавахара на основе информации своих разведчиков о неизбежном установлении советской власти в Приморье и подготовке «экстремистов» к боям с японской армией севернее Никольск-Уссурийского запросил 19 марта у Токио срочную отправку в начале апреля дивизиона эсминцев во Владивосток, хотя и высказался за достижение компромисса с большевиками во избежание столкновений. 27 марта командующий 5-й эскадрой доложил о наличии в составе Сибирской флотилии 6 боеспособных эсминцев («Бойкий», «Бравый», «Инженер-механик Анастасов», «Лейтенант Малеев», «Твёрдый», «Точный»), перепроверке агентурой сведений об отсутствии на её вооружении морских мин и запросил инструкции на случай, если ему совместно с ВЭА придётся разоружать данные корабли[535].
Спустя четыре дня заместитель начальника МГШ вице-адмирал Такэсита Исаму сообщил командующему 3-м флотом вице-адмиралу Номагути Канэо о новом курсе правительства и потребовал довести до Кавахара, что, пока Токио не принял решение об отправке эсминцев или о возможности захвата российских боевых кораблей, любые свои действия во Владивостоке он должен осуществлять без провоцирования новой власти. Применение оружия или высадка десанта, за исключением экстраординарной ситуации, разрешались Кавахара только после получения соответствующих директив из Морского Генштаба[536].
Несмотря на переход власти в Приморье в руки просоветских сил, разведорганы 5-й эскадры и МГШ не испытывали на себе давление с их стороны. Хотя до 1 июля 1920 г. в составе штаба Приамурского военного округа действовало разведывательное отделение, а в феврале был образован Приморский областной военный контроль с подразделениями во Владивостоке, Никольск-Уссурийском, Раздольном и Шкотово, основные усилия этих органов были направлены на агентурное проникновение в командование ВЭА и подчинённых ей войск: в частности, начальник облвоенконтроля Е.А. Фортунатов привлёк к сотрудничеству переводчиков штаба армии Т.С. Юркевича, транспортного управления В.С. Ощепкова, штаба 14-й пехотной дивизии в Хабаровске Л.А. Юрьева, японского представительства при Межсоюзном техническом комитете В.Д. Плешакова, сотрудника этой же структуры Г.Н. Журавлёва[537].
В это же время в Нижнем Приамурье развернулись драматические события, которые заставили японское правительство отказаться от любых мыслей по поводу вывода войск с российского Дальнего Востока и предопределили судьбу Северного Сахалина на последующие 5 лет. В историю они вошли как «николаевский инцидент», а имя его главного виновника – Яков Тряпицын – до сих пор вызывает ожесточённые споры историков.
Сменивший Накадзима на посту резидента МГШ в Николаевске капитан 3-го ранга Миякэ Синго в декабре 1919 г. – феврале 1920 г. регулярно информировал Токио о стремительно нараставшей активности партизанских отрядов в низовьях Амура. 12 января 1920 г. он, в частности, доложил о том, что город объявлен на осадном положении и что комендант крепости запросил поддержку у японского гарнизона из-за больших потерь среди белых частей, однако выразил сомнение в возможности обезопасить Николаевск и прилегающие районы силами 2 пехотных рот. 22 января резидент проинформировал МГШ о нахождении партизанских отрядов численностью до 200 человек всего лишь в 3 км западнее города и подчеркнул, что, «поскольку обстановка для нашей армии неблагоприятна, опасность для Николаевска возрастает от часа к часу». Следующая телеграмма Миякэ, посланная им 23 января, звучала как крик отчаяния: «Судьбу Николаевска предсказать невозможно. В нынешней обстановке, если не будет надежды на прибытие подкрепления из Хабаровска, прошу безотлагательно рассмотреть вопрос об отправке боевых кораблей в Александровск-Сахалинский и подразделений морской пехоты специального морского экспедиционного отряда (не менее 1 роты с пулемётами) в Николаевск». Параллельно с аналогичным запросом в МИД обратился вице-консул Исида Торамацу[538].