В европейской части России сбором информации занимались военно-морской атташе в Санкт-Петербурге, прикомандированные к нему языковые стажёры, консульство в Одессе во главе с Иидзима Камэтаро и, по мере возможностей, ВМАТ в Европе. Во Владивостоке основным поставщиком сведений оставалось коммерческое агентство, секретарь которого Судзуки Ёносукэ регулярно информировал МИД и МГШ об обстановке в порту и крепости. Разведка по Порт-Артуру и Дальнему велась консульством в Чифу под руководством консула Мидзуно Кокити и торговой компанией «Мицуи буссан», хотя Морской Генштаб иногда направлял туда своих офицеров под официальным прикрытием: в сентябре 1902 г. побывавшие на Ляодунском полуострове сотрудник 1-го (оперативного) бюро капитан 2-го ранга Ямасита Гэнтаро и капитан-лейтенант Кагивада Сэнтаро произвели осмотр Порт-Артура и опросили работавших там сотрудников «Мицуи буссан» о ходе строительства крепости[179]. Основными источниками информации по Корее оставались военно-морской атташе при японской дипмиссии в Сеуле и регулярно посещавшие корейские порты боевые корабли Флота постоянной готовности.
О важности той роли, которую играло взаимодействие военно-морской разведки и МИД, свидетельствует история с подготовкой Морским Генштабом в 1902–1903 гг. справочных материалов о запасах угля и судового машинного масла в крупнейших портах зоны Тихого океана.
10 июля 1902 г. начальник 3-го бюро МГШ капитан 1-го ранга Хосоя Сукэудзи обратился к начальнику Бюро торговли МИД Сугимура Фукаси с просьбой выяснить через возможности дипломатических миссий и торговых представительств подробную информацию о виде, объёмах и владельцах хранящихся в резервуарах 24 крупнейших портов Азиатско-Тихоокеанского региона запасов угля и судового машинного масла. Особый интерес для военно-морской разведки представляли сведения о поставщиках топлива и пунктах отгрузки для Владивостока, Инчхона, Дальнего, Порт-Артура и Цзяочжоу[180].
К апрелю 1903 г. большая часть дипломатических и торговых миссий представила в Токио требуемую информацию. В том же месяце 3-е бюро подготовило «Справочную таблицу запасов угля и судового машинного масла в портах Азиатско-Тихоокеанского региона». В ней были отражены сведения о местонахождении хранилищ, виде и объёмах запасов угля и судового машинного масла в 16 дальневосточных портах (Владивосток, Гэндзан, Фудзан, Инчхон, Порт-Артур, Нючжуан, Чифу, Цзяочжоу, Шанхай, Фучжоу, Сямынь, Шаньтоу, Бангкок, Сингапур, Манила, Корсаков). Только по 2 портам МГШ смог собрать необходимые ему сведения самостоятельно: по Фучжоу, благодаря резиденту капитан-лейтенанту Масуда Такаёри, и по Сингапуру, благодаря офицеру-разведчику бронепалубного крейсера 2-го класса «Мацусима» капитан-лейтенанту Симаноути Канта, а данные по остальным портам были получены из МИД[181].
Тем временем в начале 1903 г. в российско-японских отношениях наметился перелом, ставший прологом к войне. Стремясь нейтрализовать обозначившийся перевес России, вслед за подписанием российско-китайского соглашения от 8 апреля 1902 г. о трёхэтапном выводе русских войск из Маньчжурии в течение полутора лет, в августе того же года Токио предложил Санкт-Петербургу признать за ним только «железнодорожные интересы» в Маньчжурии, потребовав для себя полной «свободы действий» в Корее, с отказом России от какого бы то ни было вмешательства в корейские дела без аналогичного отказа Японии относительно Маньчжурии. Однако действия Токио возымели обратный эффект: в январе 1903 г. царское правительство приостановило вывод русских войск из Маньчжурии ввиду «чрезмерной притязательности» августовского предложения Японии. 18 апреля 1903 г. русский поверенный в делах в Пекине Г.А. Плансон вынудил цинское правительство пересмотреть условия соглашения от 8 апреля 1902 г. о выводе войск, однако через неделю китайские власти под давлением Японии, Великобритании и США потребовали завершения эвакуации русской армии в утверждённые сроки[182].