Боевая эскадра в составе 6 эскадренных броненосцев («Петропавловск», «Полтава», «Севастополь», «Пересвет», «Победа», «Ретвизан»), 6 бронепалубных крейсеров 1-го, 2-го рангов («Аскольд», «Диана», «Паллада», «Варяг», «Боярин», «Новик»), 2 минных крейсеров («Гайдамак», «Всадник») и 9 эсминцев предназначалась для действий в Жёлтом море и у побережья Кореи, базируясь на Порт-Артур. Командовал эскадрой вице-адмирал О.В. Старк.
Отдельный крейсерский отряд в составе 3 броненосных крейсеров 1-го ранга («Россия», «Громобой», «Рюрик»), 1 бронепалубного крейсера 2-го ранга («Богатырь»), 1–2 вспомогательных крейсеров Добровольного флота, базируясь на Владивосток, должен был вести крейсерскую войну у побережья Японии, совершать набеги на её порты, нарушать морское сообщение высадившейся на восточном побережье Кореи японской армии, отвлекать броненосные крейсера 1-го класса японского флота от основных сил. Командовал отрядом контр-адмирал Э.А. Штакельберг.
Оборонительные отряды обоих портов предназначались для ведения заградительного огня, выставления минных и боновых заграждений[186].
В связи усилением русской военно-морской активности на Тихом океане Ямамото отдал 7 мая приказ о поэтапном приведении флота в высшие степени боевой готовности, предусматривавший последовательное укомплектование до штатной численности экипажей боевых кораблей, постановку в док с конца мая всех эскадренных броненосцев и броненосных крейсеров 1-го класса, 4 наиболее боеспособных бронепалубных крейсеров 2-го класса и большей части эсминцев, ввод в строй кораблей резерва. Кроме того, министр подал петицию императору об отмене похода на юг Китая отряда вице-адмирала Хидака[187].
Одновременно Ямамото распорядился усилить разведку по российской Тихоокеанской эскадре, для чего в короткие сроки в Чифу и Владивостоке были организованы постоянно действующие резидентуры, укомплектованные кадровыми сотрудниками РУ МГШ, которые, однако, русским языком не владели, а знали только китайский или один из европейских языков.
Первым 12 мая 1903 г. в Чифу выехал капитан-лейтенант Идзюин Сюн для сбора разведывательной информации об обстановке в Южной Маньчжурии[188]. Это был хорошо подготовленный разведчик, ранее выполнявший задания РУ МГШ в США, Китае и Корее в качестве командира боевой части бронепалубного крейсера 2-го класса «Касаги» и канонерской лодки «Осима» (1898–1900), а в 1901–1902 гг. как руководитель разведаппарата в Фучжоу. Из-за отсутствия собственной агентуры до 20 мая Идзюин находился в Дальнем, где лично наблюдал за учениями эскадры. По итогам поездки он доложил в МГШ, что «обстановка в целом чрезвычайно спокойная, поэтому сложностей с разъездами по данной территории не возникает». Затем в начале июня резидент побывал в бассейне р. Ялу, после чего в июле посетил Порт-Артур и Мукден (Шэньян)[189].
По возвращении Идзюин в Чифу его 25 августа сменил другой резидент МГШ из Фучжоу, капитан-лейтенант Масуда Такаёри, но две недели спустя всю разведывательную работу против Тихоокеанской эскадры с позиций этого города возглавил капитан 2-го ранга Ямасита Гэнтаро. Как отмечалось в документах МГШ, находясь в Чифу вместе с 4 матросами и унтер-офицерами, Ямасита и Масуда имели задачу вести разведку на Ляодунском полуострове и время от времени нелегально проникать в Порт-Артур. Действительно, в сентябре – ноябре 1903 г. Ямасита и Масуда попеременно несколько раз выезжали в Порт-Артур и Дальний из-за слабой постановки там агентурной работы 3-го бюро МГШ. Однако с середины ноября поездки офицеров резидентуры на Ляодунский полуостров практически прекратились, а в её шифротелеграммах стали фигурировать ссылки на сообщения из Порт-Артура и Дальнего, что свидетельствовало о появлении там у военно-морской разведки Японии надёжных агентурных источников[190].
О капитане 2-го ранга Ямасита Гэнтаро следует сказать особо. К моменту прибытия в Чифу он был очень опытным морским офицером и разведчиком: 40-летний Ямасита являлся специалистом по артиллерийскому вооружению, в 1896–1898 гг. инспектировал строительство боевых кораблей для японского флота на британских верфях, а в 1901 г. стал сотрудником 1-го бюро МГШ, отвечавшего за оперативное планирование и организацию береговой обороны. До отъезда в Чифу Ямасита побывал в сентябре 1902 г. в Порт-Артуре и с февраля по июль 1903 г. находился в служебной командировке в Гонконге и Вэйхайвэе, где налаживал обмен информацией о русской эскадре с разведкой британского флота. В Чифу прикрытием для него служила должность сотрудника японского консульства. Стоит добавить, что по возвращении в Токио из Чифу в январе 1904 г. Ямасита был назначен начальником 1-го отделения МГШ и принял непосредственное участие в разработке и реализации оперативных планов японского флота в ходе кампании 1904–1905 гг. на море[191].