Рассмотрение проекта судостроительной программы затянулось больше чем на полгода, пока 22 июня 1907 г. Николай II не утвердил постройку в 1907–1911 гг. для Балтийского флота 2 эскадренных броненосцев, 2 лёгких крейсеров, 80 миноносцев и 36 подводных лодок. Однако, поскольку перекос в судостроении был сделан в сторону лёгких сил, Морской Генштаб выдвинул новый проект, который был одобрен царём в ноябре 1908 г. и предусматривал строительство для Балтийского флота в 1907–1911 гг. 4 линейных кораблей водоизмещением 21 000 тонн, 3 подводных лодок и плавбазы для них, а также 14 эсминцев и 3 подводных лодок для Черноморского театра[370].
В связи с обострившейся в 1908 г. гонкой вооружений на море между Великобританией и Германией в следующем году МГШ подготовил обновлённую программу развития русского флота на 1910–1920 гг. В ней, как и в прежних проектах, главным противником Санкт-Петербурга определялся Берлин, а основные усилия предлагалось направить на развитие Балтийского и Черноморского флотов, так как «чтобы Германия была принуждена считаться с нашей волей […] надо иметь возможность грозить ей наступлением», а основной задачей морских сил Чёрного моря считалось сохранение преобладания на театре и борьба с Тройственным союзом. В отношении же Тихого океана Морской Генштаб предложил ограничиться удержанием «в наших руках до последней крайности Владивостока, как огромной важности опорного пункта в Тихом океане и базы нашего будущего флота». Поэтому, если для европейских флотов намечалось построить 3 линкора, 4 линейных и 12 лёгких крейсеров, то корабельную группировку на Дальнем Востоке предполагалось нарастить только за счёт 18 эсминцев, 9 миноносцев, 6 минных заградителей, 12 подводных и 4 канонерских лодок.
До Николая II проект судостроительной программы дошёл уже в усечённом виде: для европейских флотов было спланировано строительство 8 линкоров, 4 броненосных, 4 лёгких крейсеров, 27 эсминцев и 20 субмарин, тогда как флотилия Тихого океана могла рассчитывать на пополнение лишь 4 подводными, 6 канонерскими лодками и 3 заградителями. Хотя царь 7 апреля 1910 г. утвердил этот план, Дума отказалась выделять средства на его выполнение[371].
В последующие годы Морской Генштаб неоднократно возвращался к вопросу о необходимости усиления российского флота в ответ на рост сил потенциальных против ников. В результате долгих дискуссий в 1911–1912 гг. он заручился согласием Николая II и Думы на строительство 3 линкоров, 2 лёгких крейсеров, 9 эсминцев, 6 ПЛ для Черноморского флота, 4 линейных, 2 минных, 4 лёгких крейсеров, 36 эсминцев и 12 ПЛ для Балтийского флота и 6 ПЛ для Сибирской военной флотилии в срок до 1917 г. включительно. Всего же по предвоенным программам на российских и западных верфях были заложены 7 линкоров, 4 линейных, 8 лёгких крейсеров, 36 миноносцев и 24 подводные лодки для европейских флотов. Кроме того, за месяц до начала Первой мировой войны Николай II утвердил программу срочного усиления Черноморского флота, в ответ на пополнение линейных сил ВМФ Турции, ещё 1 линкором типа «Императрица Мария», 2 лёгкими крейсерами, 8 эсминцами и 6 ПЛ, которые, однако, так в строй и не вступили[372].
Что же касается российских военно-морских сил на Дальнем Востоке, то после поражения в войне 1904–1905 гг. оставшиеся там боевые корабли были объединены в Отдельный отряд судов Сибирской военной флотилии. Нормализация российско-японских контактов и подписание серии соглашений в 1907–1912 гг. обусловили отказ правительства Николая II от восстановления флота на Дальнем Востоке до предвоенного уровня и достижения его превосходства над японским. В 1907 г. флотилия пополнилась 3 эсминцами типа «Твёрдый», которые ещё в 1904 г. в разобранном виде были перевезены по железной дороге во Владивосток, достроены и спущены на воду в 1906 г., и 3 эсминцами типа «Сокол», разоружившимися в 1905 г. в Чифу. В следующем, 1908 г. в состав флотилии вошли ещё 4 эсминца типов «Твёрдый» и «Инженер-механик Зверев», перевезённые после войны во Владивосток для достройки, а в 1909 г. она пополнилась минным транспортом «Уссури». В то же время в 1907–1913 гг. все номерные миноносцы были разоружены и исключены из списков флота, вдобавок в 1910–1913 гг. затонула подводная лодка «Форель» и ещё 4 субмарины были сданы на металлолом.
В результате к 1 августа 1914 г. флотилия насчитывала 2 бронепалубных крейсера, 1 канонерскую лодку, 20 эсминцев, 8 ПЛ и 2 минных заградителя. Однако, в связи с отправкой части боевых кораблей в действующие флоты в годы Первой мировой войны, к 1917 г. в составе Сибирской флотилии остались 1 вспомогательный крейсер, 1 канонерская лодка, 14 эсминцев и миноносцев, 1 транспорт-заградитель, 4 минных заградителя, 1 посыльное судно, 2 тральщика[373].