Работа Трапезундской экспедиции проходила в рамках Комиссии об организации охраны и исследования археологических памятников, созданной для нужд, вызванных войной, главной ее целью была охрана, регистрация и описание новых памятников. Вскоре экспедиция приобретает археографический характер, поскольку имущество не только мирных жителей, но архивов и библиотек расхищалось или разбрасывалось по городу, где его подбирал любой желающий. Например, генерал русской армии В. А. Яблочкин в Штабе 5-го армейского корпуса устроил особый склад как памятников старины, так и другого добра[501], который был, вероятно, в Трапезунде таким не единственным. В обращении к тому же генералу В. А. Яблочкину, командиру 5-го армейского корпуса, под пунктом з в разделе «по отношению к мечетям и другим памятникам» Ф. И. Успенский замечал: «В том случае если бы оказалось имущество в нескольких мечетях, более легкой охраны его требовалось бы снести его в одну более прочно построенную и имеющую хорошие запоры, а остальные мечети запереть. Переписав собранное имущество и составив протокол обо всем происшедшем по вышесказанному, оригинал протокола хранить при управлении коменданта, а другой – в городском управлении»[502].
Предварительный отчет по собранным и спасенным рукописям был написан Ф. И. Успенским в своем дневнике. Относительно этих рукописей в 1916 г. Его Императорским Высочеством Наместником было принято следующее решение: ящик № 1 был одобрен к перевозке в Академию наук в Петроград. «Вместе с тем мне было поручено объяснить Академии наук, – докладывал Ф. И. Успенский на заседаниях Академии, – что рукописи предоставляются Академии “для ознакомления и изучения” впредь до новых распоряжений, имеющих последовать по окончании войны. По мнению Его Высочества, особому рассмотрению и решению подлежит судьба рукописей, секвестированных в мечетях, от тех, кои приобретены частным образом. Относительно этих последних (ящики III и IV) Его Высочество не встречает препятствий к тому, чтобы они были распределены между русскими учреждениями, интересующимися восточными рукописями»[503]. От 17 сентября 1916 г. приведен предварительный список рукописных коранов, описание которых впоследствии было сделано А. Е. Крымским и И. Ю. Крачковским[504].
За зиму 1916-1917 гг. в отсутствие членов экспедиции с архивом в мечети Орта-Хисар в Трапезунде произошли изменения: «В течение зимы много незваных посетителей проникало туда и с ключами, и без ключей, через окна и двери. Хранившиеся на хорах и в других помещениях акты, рукописи и разные собрания подверглись грубому пересмотру и новому расхищению». В лето 1917 г., несмотря на смену администрации, Ф. И. Успенский опять столкнулся с проблемами охраны помещений с рукописями: «Уже второе лето <…> я неоднократно приходил в крайнее смущение перед вопросом: как охранить предметы искусства, рукописи, книги и проч[ее] от расхищения и порчи в то время, когда ключи от памятников – разумеются прежде всего мусульманские мечети, обращенные в таковые из христианских церквей – находятся не в ведении археологической экспедиции, и когда доступ в мечети, как это было в прошлом году в мае и как повторилось в нынешнем 1917 г. в июне, был открыт для всех уже в силу того простого факта, что двери в мечетях были сняты (св. София), ключей и запоров не было совсем, хотя двери поправлялись и замки покупались несколько раз в год»[505]. Разорение архива в Орта-Хисар отмечает в отчете и Н. Д. Протасов: мечеть Орта-Хисар, писал он, была превращена сначала в лазарет, потом в казармы и «оказалась невыносимо грязна и полна мириадами блох»[506], а «сколько при этом было растаскано книг и испорчено рукописей и актов, никто не может учесть»[507].
Впрочем, как заметил по приезде академик А. Е. Крымский, «интересных рукописей отложено всего сотни три – цифра все же достаточно внушительная»[508].
Кроме того, и во время работы экспедиции случались хищения. «Грекам известно, – писали Успенскому, – что турки спрятали в Орта-Хисар много важных бумаг, среди которых имеются и векселя греков. Векселя эти хотя будто бы и потеряли при настоящем положении Трапезунта свое значение, но все же интересно было бы знать, где они спрятаны. Когда грек мне это сказал, то мне стало ясно, что в Орта-Хисар воры и искали эти векселя, а книги забрали для отвода глаз»[509].