После экспедиции продолжил работу в Московской духовной академии в качестве преподавателя, в РАИМК/ГАИМК[845] (научный сотрудник и ученый секретарь), в музее-заповеднике «Херсонес Таврический», в Крыму в целом (с 1925 г. Н. Д. Протасов вел раскопки в г. Судаке)[846]. На 1923 г. он намечал себе в планах[847] продолжить работу над собранными им в Трапезунде материалами, но никаких следов неопубликованных рукописей по этой тематике обнаружить не удалось[848]. В 1925 г. он планировал сделать доклад под названием «Образцы крепостных сооружений Херсонеса и Трапезунта»[849], но была ли выполнена эта работа – неизвестно. Впоследствии, став сотрудником музея-заповедника «Херсонес Таврический», он больше сосредоточился на исследовании Херсонеса византийской эпохи. Однако в 1929 г. в журнале “Byzantion” вышла в свет статья по материалам Трапезундской экспедиции «Памятники Джевизлика»[850]. Изучением биографии искусствоведа на данный момент занимается И. Л. Кызласова[851]. В разные годы был сотрудником ГИМ, ГБЛ, в 1931 г. Н. Д. Протасов становится действительным членом сектора археологии Государственной академии искусствознания. «Он остался в нашей литературе как автор одной монографии по библеистике (1913) и одной небольшой книги по иконографии, ряду церковно-публицистических очерков (1916-1917) и около сорока, в большинстве своем небольших, статей по искусству и культуре Византии, а также Древней Руси (1915-1938)»[852].
После Трапезундской экспедиции в своей автобиографии в 1918 г. Н. Д. Протасов отмечал, что его интересует генезис древнерусского искусства[853], тогда многие искусствоведы связывали его с византийским искусством Кавказа[854].
Стал одним из хранителей коллекций Эрмитажа и специалистом по искусству высочайшего класса с опытом работы во всевозможных комиссиях, учреждениях и инспекциях. С 1917 г. состоял ученым секретарем Комитета по охране памятников старины Трапезундского укрепленного района, учрежденного Кавказским комиссариатом. В 1920 г. Морозов был научным сотрудником Всеукраинской академии наук, членом Секции научных работников, членом Киевского губернского комитета охраны памятников искусства и старины Киевщины и др. В 1921 г. по поручению Академии наук он даже возвращался в Трапезунд, чтобы проверить сохранность памятников Трапезунда и росписей стен храмов, неоднократно также бывал командирован и в другие экспедиции[855]. В 1920-е гг. Ф. Μ. Морозов занимался охраной памятников старины в Киеве, потом, по возвращении в Ленинград, стал сотрудником Музейного фонда, затем Русского музея и Государственного Эрмитажа[856], где продолжал служить до конца своих дней. В 1939 г. по решению Всесоюзного ВАКа и ходатайству профессора и члена-корреспондента Академии наук Д. В. Айналова, под руководством которого он работал более 20 лет[857], Ф. Μ. Морозов получил кандидатскую степень[858]. Д. В. Айналов характеризовал своего ученика как «редкого в наше время искусствоведа», специалиста по охране памятников искусства и письменности, получившего обширный опыт в экспедициях и в деле организации нескольких музеев, их снабжению и охране[859]. О жизненном пути выдающегося искусствоведа написана книга[860].
Известный для конца XIX – начала XX в. писатель и журналист, археолог по образованию остался в памяти поколений прежде всего как мемуарист, журналист и беллетрист. Помимо «Трапезондской эпопеи» (изданной в Берлине в 1925 г.), написал также другие беллетризованные воспоминания на основе своих дневников.
После возвращения из Трапезунда в Петербург Минцлов до середины 1918 г. жил в своем родовом имении в Кемере под Выборгом на территории отделившейся Финляндии, откуда эмигрировал в Сербию. Сохранилось его
письмо к бывшему его начальнику в Трапезунде А. В. Шварцу о своей жизни в Белграде, в Земуне (ныне – окраина Белграда): «Что я делаю, спросите? Занятий у меня два: болею и пишутеперь свои воспоминания “За мертвыми душами”. Описываю в них свои поездки по России в поисках старины, свои встречи и наблюдения. Читал несколько публичных лекций, организовали мы здесь свой религиозно-философский кружок и по пятницам делаем там доклады и учиняем собеседования – всё будто дело и все будто не так уж густо обрастаем плесенью»[861].
В 1922 г. вернулся в Ригу, где владел издательством, посвящая последние годы жизни исключительно литературным занятиям. Прекрасную библиотеку, собранную в первой части жизни, Минцлову пришлось продать в 1925 г. В 1920-1930-х гг. вышли многие другие его мемуары, написанные в жанре «беллетризованных воспоминаний». Даже борясь с тяжелой болезнью, он до последнего не оставлял своей писательской деятельности. В 1933 г. он умирал как признанный, известный литератор и журналист, на смерть которого отозвались многие эмигрантские газеты с чувством горести и утраты.