Синодальное начальство регулировало интеллектуальную жизнь семинарии, часто в соответствии с приоритетами государства. Властный граф Николай Протасов (1836–1855) во время пребывания на посту обер-прокурора провел реформу учебной программы семинарии, сделав упор на «практические предметы», такие как медицина и агрономия, в ущерб философии и богословию[353]. Материалы для чтения, доступные студентам, контролировались в соответствии с приоритетами последующих синодальных администраций, но жесткая цензура всегда была нормой. В ответ на эти ограничения почти в каждой семинарии создавались подпольные студенческие группы с целью самообразования с использованием запрещенных материалов, и преподаватели семинарии часто неофициально терпимо относились к этим группам. Митрополит Евлогий, бывший инспектором Владимирской семинарии с 1895 по 1897 год и ректором Холмской семинарии с 1897 по 1902 год, в своей автобиографии выразил сочувствие тем студентам, которые содержали тайные библиотеки: «Я понимал, почему они хватаются за Успенского, Златовратского… В нелегальной литературе они находили удовлетворение потребности, хоть в воображении, прикоснуться к какой-то справедливой, светлой жизни»[354]. Интеллектуальный бунт не ограничивался какой-либо определенной политической ориентацией. Было обнаружено, что в некоторых нелегальных семинарских библиотеках содержались различные запрещенные материалы, такие как религиозные сочинения Льва Толстого и исторические лекции Василия Ключевского, а также эсеровские трактаты[355]. Интеллектуальное инакомыслие укоренилось в семинарской системе и было свойственно не только учащимся.
В последние десятилетия XIX века Синод предпринял попытку вернуть себе контроль над ресурсами и управлением семинарии, от которого он частично отказался в 1860‑е годы. Обеспокоенность по поводу отказа многих молодых людей из среды духовенства от церковной карьеры побудила обер-прокурора Александра Толстого отменить в 1878 году право семинаристов поступать в светские университеты без сдачи вступительного экзамена[356]. В следующем году его сменил Константин Победоносцев, который был полон решимости противодействовать секуляризации семинарий. В 1884 году Победоносцев продвинул еще один устав семинарии, в котором учебная программа была реформирована и теперь сосредоточена на религии. Он ужесточил цензуру несанкционированной литературы и сделал соблюдение религиозных обрядов обязательным[357]. Эта реформа учебной программы затруднила переход семинаристов к светскому образованию. Победоносцев также был полон решимости вновь сделать духовное сословие «служилыми людьми» церкви. В 1898 году его образовательная комиссия в Синоде предложила сократить число студентов неклерикального происхождения в семинариях, утверждая, что эти студенты из других сословий просто эксплуатировали церковную школьную систему, чтобы избежать военной службы и получить бесплатное образование. В марте 1900 года Синод принял постановление, которое ограничивало максимальное число иносословных студентов в любой семинарии 10% от общего числа и обязывало этих студентов платить за обучение 40 рублей в год[358]. Эти «контрреформы» в церкви снова превратили пастырское служение в кастовую обязанность.
Контрреформы Победоносцева свели к минимуму участие духовенства в управлении семинарией и сосредоточили власть в руках епископа. Устав 1884 года был составлен менее чем за месяц закрытой комиссией под председательством митрополита Московского Иоанникия. Это резко контрастировало с уставом семинарии 1867 года, который был составлен после многих лет дебатов и выяснения мнений приходских священнослужителей по всей империи[359]. Ректор, из монашеского духовенства, и светский инспектор, надзирающий за поведением и нравственностью студентов, больше не должны были избираться их коллегами, а назначались епископом[360]. Ректор возглавлял педагогический совет, в который входили инспектор, два священнослужителя, избранные епархиальным съездом, и три учителя, назначаемые архиереем. Таким образом, структура управления семинарией стала подотчетна епархиальному архиерею и Синоду, а не профессорско-преподавательской корпорации или духовенству епархии. Более того, как это было указано в главе 1, устав 1884 года ограничил функции епархиальных съездов финансовыми вопросами и полностью упразднил местные[361]. Таким образом, не только у семинаристов были причины возмущаться навязанной им системой, и бунты поповичей выражали более широкое недовольство их родителей.