Литература, обнаруженная в гардеробе, выявила весьма запутанную ситуацию. В первом номере журнала «Ученический листок» были воспроизведены статьи из других радикальных изданий: «Крайние социалистические партии идут в Думу, чтобы сделать ее орудием агитации… объединить около нее народные массы… и в конце концов поставить их пред необходимостью вооруженного восстания»[402]. В другой статье, возможно оригинальной, семинария отвергалась как политически вредное учреждение: «Духовная школа является орудием для приготовления апологетов экономического и политического порабощения народных масс»[403]. В то же время в манифесте говорилось: «История Семинарии показывает, что она с каждым годом освобождается из-под многолетнего гнета, и мы верим, что скоро Семинария сбросит с себя гнет, обновится и будет свободной школой»[404]. Характер и цель этой обновленной семинарии трудно понять в свете осуждения самой семинарии как поставщика опиума для народа. В манифесте целью студенческого союза объявлялись организация противодействия «реакционным элементам», организация самообразования и приглашение «членов социалистических партий» принять участие в этом образовании. Однако в подпольной библиотеке, которую студенты собрали ради самообразования на сумму 46 рублей 57 копеек, содержатся религиозные, философские и политические книги, ни одна из которых фактически не была запрещена[405]. Возможно, именно из‑за этой путаницы ни Организация тверских семинаристов, ни дряхлый Общесеминарский союз, судя по всему, не пользовались большим авторитетом среди студентов. В ответ на восстановление в 1908 году экзаменов для семинаристов, желающих поступить в светские университеты[406], юноши из Твери, Курска и Нижнего Новгорода обратились с письмами к либеральному политику Павлу Милюкову с просьбой поднять этот вопрос в Думе[407]. Этот факт может демонстрировать переориентацию политических симпатий некоторых семинарских активистов в сторону от радикального социализма.
Последний коллективный протест, который имел место в Московской семинарии, был вызван трагедией. 7 апреля 1907 года покончил жизнь самоубийством ученик третьего класса Иван Вишняков, лет шестнадцати-семнадцати. Инспектор семинарии столкнулся с этим юношей, когда тот находился в двухдневном запое, после чего Вишняков покинул семинарию и бросился под поезд. Однокашники обвинили инспектора в доведении студента до самоубийства. Утром 9 апреля все студенты отказались идти на занятия и потребовали совершить панихиду по своему однокласснику, что не соответствовало радикально-социалистической принадлежности семинарской организации. Преподаватели согласились, но после службы студенты собрались в коридорах и объявили забастовку. Никаких конкретных требований не было высказано. На пасхальные каникулы администрация отправила студентов домой на три дня раньше, предупредив, что любой, кто затем не вернется на занятия, будет отчислен[408].
Бунт оказался недолгим, и занятия возобновились после пасхальных каникул. Возможно, именно неспособность других поддержать протест побудила некоторых радикально настроенных студентов прибегнуть к насилию. 8 мая в три часа ночи в ветвях дерева на территории семинарии взорвалась бомба, и оно загорелось. Утром 9 мая в главном здании семинарии снова взорвалась бомба, когда большинство студентов присутствовали на богослужении. Взрыв разрушил печь, в которую была помещена бомба, но другого вреда причинено не было[409]. Московский градоначальник распорядился в тот же вечер провести полицейский рейд в семинарии, в ходе которого у трех студентов четвертого класса были обнаружены следующие документы: литография обращения из центрального комитета Всесеминарского союза, призывающего всех студентов бойкотировать экзамены, шесть экземпляров одного и того же номера радикального студенческого журнала Тверской семинарии «Ученическая газета» и рукописный текст с жалобой на семинарию. При обыске студенческих квартир в городе были обнаружены протоколы общесеминарского съезда, принадлежавшие еще шести студентам. Шесть студентов были отчислены после сдачи экзаменов, а троим разрешили остаться[410].