Еще одна бомба взорвалась в Московской семинарии 29 мая во время визита митрополита Владимира. Небольшой взрыв произошел в туалете, никто не пострадал. Личность террориста установлена не была[411]. Однако к июню администрация семинарии выявила 19 студентов, которых подозревали в том, что они сыграли видную роль в апрельской забастовке. В свою защиту трое старших учеников заявили, что, взяв на себя руководство протестом, они предотвратили вспышку насилия. Действительно, закрытие семинарии лишило бы этих студентов шансов завершить образование. Следователь полиции и педсовет пришли к одному и тому же выводу, что взрывы были делом рук небольшого числа студентов, возможно с плохими оценками и без надежды на окончание учебы, которые хотели терроризировать администрацию семинарии, а также своих сокурсников с целью вызвать бойкот выпускных экзаменов[412]. На основании этих соображений педагогическое собрание вынесло сравнительно мягкий вердикт. Лишь трое учеников первых двух классов были отчислены за явное выражение солидарности с ЦК Всесеминарского союза. Двоих студентов лишили бесплатного проживания и питания, а остальным за поведение поставили на один балл ниже. Пяти старшекурсникам разрешили выпуститься[413]. Так совет отделил агрессивных радикалов от большинства учащихся, которые продолжали связывать свои интересы с семинарским сообществом.
Весна 1907 года ознаменовала конец скоординированных семинарских протестов по всей империи. В мае произошли взрывы в семинариях Нижнего Новгорода и Калуги, а рейды полиции выявили призыв ЦК бойкотировать выпускные экзамены во многих семинариях[414]. Однако бойкота не произошло. Последующие протесты семинаристов выражались в отдельных актах насилия, таких как смертельное ранение инспектора Саратовской семинарии в 1911 году[415]. В августе того же года полиция расследовала слухи о семинарском съезде в Москве, но в конечном итоге пришла к выводу, что такого собрания не было[416]. Властям удалось выявить и арестовать или исключить из семинарий многих наиболее радикальных активистов. Впрочем, эти радикалы уже оторвали движение от семинарии и окружавшего ее священнического сообщества.
Совместные усилия протестующих, преподавателей и приходского духовенства в 1905 году обеспечили усиление участия приходского духовенства в управлении семинариями и бо́льшую интеллектуальную свободу внутри семинарской системы. Однако развить этот успех им не удалось. Предложение тверской делегации 1905 года о создании общеимперской площадки для интеллектуального и финансового сотрудничества было отвергнуто Синодом, несмотря на обещание Колосова, что съезд семинарских учителей будет избегать политической активности, а свобода семинарских объединений ограничится епархиальным уровнем. Учителя светских школ позже проводили межгубернские собрания, такие как съезд Учительского союза, состоявшийся в Москве в марте 1907 года, на котором присутствовало 45 делегатов из 9 губерний, включая Тверскую. Однако солидарность с левыми партиями, проявления которой позволяли себе делегаты, препятствовала полноценному сотрудничеству между семинариями и союзом[417]. Вне контекста беспорядков преподаватели семинарий не хотели или не могли требовать от властей больших уступок. Ужесточение Синодом цензуры духовной печати в ноябре 1906 года не вызвало существенного недовольства со стороны приходского духовенства и семинарий[418]. Назначенные епископами ректоры, будучи монашествующими, сыграли важную роль в пресечении неповиновения Синоду. Приходское духовенство в целом было принуждено к молчанию ввиду надвигающейся угрозы лишения сана или заключения в монастырь. Также растущая популярность радикальных антирелигиозных политических партий сыграла важную роль во внутреннем расколе духовенства и его отчуждении от политически активных социальных групп, таких как светские учителя.
Осторожные перемены, последовавшие за бойкотами 1905 года, не повлекли за собой усиления влияния мирян на жизнь семинарий. Лишь очень немногие молодые люди из других сословий поступили в семинарии после того, как Синод в 1906 году отменил 10-процентное ограничение. Общий набор студентов из неклерикальных семей фактически упал с 19,3% в 1906 году до 15,3% в 1914‑м[419]. Индустриализация первых десятилетий XX века создала новые рабочие места и сделала профессию священника менее привлекательной с точки зрения материального вознаграждения. Несмотря на предоставление бесплатного образования бедным студентам, миряне в целом рассматривали семинарии просто как школы для подготовки служителей церкви. Прихожане иногда задавали вопросы своим священникам, почему их просят жертвовать на школы, которые, судя по всему, готовят радикалов, а не пастырей[420]. И все же семинария действительно способствовала развитию пастырского движения среди призванных к священству студентов, прививая им культуру взаимопомощи и стремление включать мирян в социальную миссию церкви.