Летом 1922 г. в Восточной Бухаре (юго-восточная часть Таджикистана и частично Южного Узбекистана) бывший военный министр Османской империи (генерал турецкой армии) Энвер-паша, пользуясь доверием Совнаркома РСФСР, предоставившего ему политическое убежище, поднял антиправительственный мятеж. Он выдвинул идею создания единого тюркского среднеазиатского мусульманского государства. Ему удалось объединить разрозненные отряды басмачей (по разным данным, от 10 до 50 тыс. человек). Находившийся в то время в изгнании Сеид Алим-хан назначил Энвер-пашу «главнокомандующим войсками ислама»369. Одновременно с привлечением турецких офицеров, ранее бежавших из республиканской Турции, был создан Союз установления халифата в Туркестане с отделениями в Ташкенте, Самарканде, Бухаре и других среднеазиатских городах. Справиться с этой угрозой самостоятельно вновь образованная Бухарская Красная Армия не смогла. В сложившейся обстановке военно-политическое руководство РСФСР потребовало от командования Туркестанского фронта оказать местным органам власти военную помощь.
Для ликвидации вооруженных формирований Энвер-паши в апреле 1922 г. по указанию командующего войсками Туркфронта В.И. Шорина была создана Бухарская группа войск (командир Н.Е. Какурин, позднее – П.А. Павлов). В ее состав вошли 1-я и 2-я отдельные Туркестанские кавбригады, 3-я Туркестанская стрелковая дивизия и два кавалерийских эскадрона из состава Верненских кавалерийских командных курсов. Позднее в распоряжение группы прибыли части из Московского военного округа и Западного фронта. Всего Бухарская группа насчитывала 4500 штыков, 3030 сабель и 20 орудий. Ей было придано авиационное звено (2 самолета). Наши летчики преимущественно решали разведывательные задачи и обеспечивали связью разбросанные в зоне проведения операции части и подразделения РККА. В ходе боев основные силы басмачей были разбиты, а Энвер-паша в одном из стычек убит370. Завершение активной фазы боевых действий позволило в конце весны 1922 г. вернуть авиазвено в г. Ташкент371. На городском аэродроме в этот период базировались два разведывательных авиаотряда, имевшие на вооружении устаревшие двухместные самолеты. Летчики преимущественно решали задачи воздушной разведки и связи, в отдельных случаях выполняли бомбардировки и штурмовые действия против многочисленных банд. Всего за 1922 г. ими было выполнено 17 самолето-вылетов, сброшено 320 кг авиабомб372.
Для поддержки операций РККА против басмачей периодически задействовались самолеты гражданской авиации. По линии Среднеазиатского отделения общества «Добролёт» (создано в конце 1923 г.) в состав Туркестанского фронта (с 1926 г. – Среднеазиатского военного округа (САВО)) поступили новые самолеты германской конструкции Ju-13. В частности, к 1 января 1924 г. отделение получило пять ЛА данного типа. Три самолета остались в распоряжении руководства «Добролёта», а два оставшихся распределили между 35-м разведывательным и 40-м авиаотрядами фронта373.
На основе «Юнкерсов» была создана транспортная авиация, базировавшаяся в г. Ташкенте. Самолеты использовались для снабжения отдаленных пограничных постов и застав, передовых подразделений на марше в труднодоступной местности, а также для ограниченной перевозки пассажиров, включая больных и раненых374. Отдельные гражданские летчики принимали активное участие в боевых действиях. В частности, в 1924 г. немецкий летчик Отто Виприх вместе с бортмехаником Н.Л. Кекушевым на Ju-13 по заданию советского командования неоднократно совершал полеты в районе г. Хивы для совместных действий с наземными войсками при подавлении восстания басмачей под руководством Джунаид-хана, Агаджи-Ишана и Ахмед-бека. В соответствии с постановлением РВС Хорезмской республики от 14 февраля того же года О. Виприх был награжден именными золотыми часами375.
Основные события в Хорезме развернулись в январе 1924 г. Ранее, в октябре 1923 г., на IV Всехорезмском курултае Советов Хорезмская Народная Советская Республика (ХНСР) была преобразована в социалистическую республику (ХССР). Однако оппозиционные силы, объединившись с местными басмачами, открыто выступили против советской власти. Начало восстания (15 января 1924 г.) было связано с вооруженным выступлением Джунаид-хана, возглавлявшего большую часть кочевых туркмен на границе Хорезмского оазиса, превратившегося к этому времени центром притяжения всех антисоветских сил в Средней Азии.
Джунаид-хана поддержали местные вожди Агаджи-Ишан и Сеид-Мухаммед-ушак, выставив до трех тысяч хорошо вооруженных всадников376, увеличив общую численность басмачей почти в два раза377. Это удалось достигнуть за счет привлечения части дехканства, находившегося под сильным влиянием духовенства, использовавшего все ошибки нового правительства.
19 января 1924 г. крупные силы восставших (от 1500 до 2000 человек) окружили г. Хиву (столицу Хорезмской республики) и Ново-Ургенч (Ургенч). В результате нескольких безуспешных штурмов Хивы басмачи потеряли значительные силы.