Сенявин оказался в трудном положении. Да, в тот момент Россия находилась в состоянии мира и с Францией, и с Британией, но не приходилось сомневаться, что такое положение дел не продлится долго. Друг Франции почти автоматически становился врагом Британии, и нападение на Данию наглядно продемонстрировало, что у нейтралов не будет шанса добавить свои флоты к тем, что уже и так находятся под контролем французов. Можно было бы предположить, что русский флот на Средиземном море воспользуется преимуществом, даваемым турецким перемирием, чтобы достичь безопасности Черного моря, но об этом, похоже, никто не думал, разве что речь шла о кораблях Черноморского флота и некоторых незначительных мелких судах. Остальные корабли принадлежали к Балтийскому флоту и должны были уйти на Балтику.
Учитывая эти соображения, Сенявин 7 сентября увел часть флота с Тенедоса на Корфу. Грейг с тремя линкорами последовал за ним 26-го. На Корфу уже было несколько русских кораблей – «Азия» 74 (из Черноморского флота), «Ярослав» 74, «Седель-Бахр» 8412, «Венера» 50 и несколько судов меньших размеров, но Корфу теперь стал иностранной территорией – передача его Франции имела место 3 сентября. На участке, расположенном немного севернее, Баратынский, который в отсутствие Сенявина осуществлял блокаду Рагузы и далматинского побережья – в его распоряжении были корабли «Св. Петр» 74, «Москва» 74, «Параскевия» 74 (из Черноморского флота), «Легкий» 44, «Автроил» 32 и еще несколько мелких судов, – имел несколько коротких стычек с французскими войсками, передал французам русские владения в Которском заливе и 26 августа увел флот в Венецию, где должен был высадить русские войска, коим предстояло вернуться домой по суше.
Зайдя в Пиран, что в Истрии, чтобы принять на борт венецианских лоцманов, Баратынский узнал от капитана Кэмпбелла с британского фрегата «Юните», что Венеция в блокаде и он (Кэмпбелл) должен предотвращать любые попытки входа в порт. Поэтому Баратынский направился в Триест и отправил гонца в Вену за инструкциями от русского посла. Тот ответил очень быстро. Баратынскому следовало выполнить первоначальный приказ, независимо от последствий. 21 сентября Баратынский прибыл в Венецию и высадил войска, так и не заметив никакого блокирующего флота. Затем он вернулся в Пиран и там получил приказ Сенявина как можно скорее присоединиться к нему на Корфу. 28-го он вышел в море, оставив «Легкий» для защиты от возможных британских нападений на возвращающиеся транспорты, и 1 октября прибыл на Корфу.
В тот же день Сенявин отбыл с Корфу на Балтику с 10 линкорами из его прежнего флота, а также кораблями «Венера», «Кильдуин» и «Шпицберген». Он оставил Баратынскому приказ следовать за ним с кораблями «Св. Петр», «Москва», «Легкий», «Автроил» и привести с собой захваченный «Седель-Бахр». Корабли Черноморского флота с некоторыми малыми судами с Балтики должны были следовать в Севастополь под командованием коммодора Салтанова с «Параскевии».
Прежде чем перейти к другим событиям, следует завершить рассказ о русском средиземноморском флоте. Через несколько дней он попал в полосу непогоды. «Уриил» получил несколько пробоин, и его пришлось отправить обратно на Корфу для ремонта, но сначала его грот-мачта была переправлена на «Селафаил», получивший повреждения такелажа. 17 октября русские прошли Гибралтарский пролив. Дальше им пришлось преодолевать встречный ветер, и продвижение вперед шло настолько медленно, что 6 ноября они лишь миновали широту Лиссабона.
Затем, хотя ветер и стал попутным, он оказался настолько порывистым и сильным, что почти все корабли получили повреждения. Нужен был срочный ремонт, и Лиссабон оказался ближайшим портом, где его можно было выполнить. 1 ноября Сенявин завел свой изрядно потрепанный флот в устье Тахо.
Русские прибыли в Португалию в один из кризисных моментов ее истории. Французская армия шла через Испанию, чтобы оккупировать Лиссабон – как друзья или враги – и, если получится, завладеть португальским флотом. В тот момент принц-регент был склонен стать на сторону французов и уже отдал приказ об аресте британских подданных и их имущества. Однако прибытие девяти линкоров под командованием сэра Сидни Смита и установление 17 ноября блокады быстро изменили его позицию. Спустя десять дней он получил шанс сдать свой флот британцам или использовать его для транспортировки своей семьи и правительства в Бразилию. Он принял второй вариант, и 29-го все годные к эксплуатации португальские корабли, а также торговые суда вышли из Тахо в сопровождении британской эскадры. На следующий день в Лиссабон вошли французы.