Но после неудачного сражения у Тенерифа раненый Нельсон лишился правой руки и перестал быть капитаном. Для него это была катастрофа такая же, как и для самой Эммы. Унылые письма Горацио её глубоко расстраивали. Именно леди Гамильтон приложила все усилия, чтобы убедить королеву Неаполя в необходимости присутствия Нельсона на Средиземном море. После его блестящей победы при Абукире 11 сентября 1798 года благодарный и осыпаемый почестями герой появился в Неаполетанском заливе. Жалкая внешность героя производила тягостное впечатление, но только не на Эмму. Она не замечала тяжелых увечий. Даже муж и общественное мнение переставали для нее существовать. Ведь рядом был ее Горацио. Совершенно зря приписывают ей то, что она захотела погреться в лучах чужой славы. Действительно, влюбленный Нельсон способствовал ее возвышению. Именно по его представлению леди Гамильтон была награждена российским императором Павлом I Мальтийским крестом. Главное, что наконец-то она полюбила и ей отвечали взаимностью. Всю свою нерастраченную нежность она перенесла на Горацио. Здоровье адмирала было для нее важнее мнения и современников, и потомков.
Слухи о связи Горацио с «какой-то неаполитанкой» достигли мисс Нельсон. Это сильно ее встревожило. Она была готова приехать в Неаполь. Вот как реагировала Эмма на эти события: «Сколько еще времени продлится мое счастье? Если приедет та, которая имеет право на тебя… тогда моя любовь останется одинокой и мое сердце умрет под опадающей листвой…» Нельсон запретил жене приезжать, но и задерживаться в Неаполе из-за ухудшавшейся политической ситуации было невозможно.
Проницательный лорд Гамильтон делал вид, что ни о чем не догадывается. Он предпочитал быть слепым на оба глаза, так как знал, что присутствие контр-адмирала в Неаполе означало безопасность всего королевства, да и его собственную тоже. Между тем Нельсон словно прирос к леди Гамильтон. Он иногда даже игнорировал приказы под предлогом охраны презираемой им королевской семьи, лишь бы остаться рядом с любимой. Нельсону действительно пришлось вывозить их величества с домочадцами, приближенными и со всеми сокровищами из Неаполя в Палермо, а затем возвращать обратно. Теперь все прощают герою, возведенному королём Георгом III в сан пэра с титулом «барона Нельсона Нильского и Бернем-Торпского». Пользуясь этим титулом, он затянул свое пребывание в Неаполе почти на два года.
Неаполь, или, точнее, Королевство обеих Сицилий, был главной ареной деятельности Нельсона в эти годы. Географическое положение Королевства обеих Сицилий делало это государство желанным союзником для Англии в ее борьбе против Франции. Для самого Неаполя Великобритания была естественным союзником, флот которой мог бы защитить в случае нужды длинную береговую линию Королевства от нападения французов. Господствовать Нельсону приходилось в бурное время. Едва появившись в Неаполе, Нельсон сразу же начал организовывать выступление неаполитанских войск. У него была директива Адмиралтейства защищать Королевство обеих Сицилий, и поэтому его поступки в принципе соответствовали поставленным перед ним задачам. Из доклада Нельсона Адмиралтейству после осмотра 30-тысячной армии неаполитанцев для обороны королевства: «Насколько я разбираюсь в этих вопросах, я согласен, что лучшей армии нельзя себе представить».
22 ноября неаполитанское правительство предъявило французам требование об эвакуации войск из Папской области и с Мальты. Под командованием английского генерала Мака и короля Фердинанда неаполитанская армия двинулась на Рим. Одновременно Нельсон на своих кораблях перевез и высадил в Ливорно четыре тысячи пехотинцев и 600 кавалеристов для облегчения наступления. 15 тысяч французов отступили перед 30 тысячами неаполитанцев. Фердинанд с помпой въехал в Рим.
Через несколько дней французы перешли в контрнаступление, но «лучшая армия Европы» не оказала им никакого сопротивления. Неаполитанские солдаты не только бросали оружие, а переодевались и в штатской одежде бежали к Неаполю. При этом повальное бегство возглавлял король Фердинанд. Тем временем в Неаполе бурно распространялись республиканско-либеральные настроения.
Нельсон понял, что это катастрофа. Ведь он, английский контр-адмирал, сам был повинен в катастрофе, которой закончился поход неаполитанцев. Ведь он не обладал ни знаниями, ни опытом ведения сухопутных операций и в то же время требовал выступления неаполитанской армии. Если бы не его подстрекательские речи, Фердинанд не рискнул бы пойти на такую авантюру.
Правда, в начале октября Нельсон предупредил Эмму Гамильтон, что английская колония в Неаполе должна быть готова к выезду в любой момент. Сэр Уильям воспользовался любезностью контр-адмирала и на корабле «Какосус» отправил в Англию свои наиболее ценные вазы и картины. 14 декабря король Фердинанд бесславно возвратился в Неаполь. Теперь главной заботой Нельсона стала эвакуация королевского семейства. Действия нужно было произвести тайно. Ведь неаполитанцы могли расправиться с монархом за то, что он бросает их на произвол судьбы.