Под покровом ночи, начиная с 15 декабря, королева Каролина переправляла в палаццо Эмме Гамильтон бочонки, ящики, корзины. Это были королевские сокровища – золото в монетах и изделиях, бриллианты и другие драгоценности. Их общая сумма превысила 2,5 млн фунтов стерлингов. Английские морские пехотинцы перевозили это имущество в упаковках с надписью «Припасы для Нельсона» на флагманский корабль.
Королевскую семью на «Вэнгард» доставил сам Нельсон, который проник во дворец через подземный ход. Тем же путем ночью королевскую семью доставили на пристань. Их ожидали лодки с вооруженными матросами. Обстановка на корабле была мрачная, судно было перегружено. Начинался шторм, судно раскачивалось под порывами ветра, удерживаемое одним якорем.
23 декабря вечером «Вэнгард» в сопровождении нескольких судов вышел из порта и взял курс на Сицилию. Нельсон признавался, что переход был трудным. Он сам не припомнит такого тяжелого плавания. Море бурлило, и пассажиры ожидали своей гибели в волнах. Лишь Эмма держалась твердо, заботясь о королевской чете и о больном младшем принце, который, несмотря на все хлопоты, скончался у нее на руках. Вскоре «Вэнгард» прибыл в Палермо, ставший резиденцией короля. Через месяц французские войска заняли Неаполь. В январе 1799 года там была провозглашена Партенопейская республика, которая просуществовала всего шесть месяцев. После разгрома от русско-австрийских войск в Северной Италии, в начале мая, французские войска покинули новоявленную республику. Команда в составе сил влиятельного кардинала Фабрицио Руффо и русского отряда под командой капитан-лейтенанта Григория Белли первой вошла в Неаполь 13 июня 1799 года.
Одновременно английская эскадра пыталась подойти к Неаполю, но республиканский флот под командованием адмирала Франческо Караччиоло заставил их вернуться обратно в Палермо. Только 24 июня эскадра Нельсона прибыла в Неаполь. В расправе с мятежниками адмирал Нельсон и прибывший король Фердинанд проявили особую жестокость: 99 человек (среди них адмирал Ф. Караччиоло, Ф. М. Пагано и В. Руссо) были казнены. Более 500 человек были заключены в тюрьму, и около 350 депортированы.
Как считают многие историки, здесь крылась ещё и личная неприязнь. Совершённый Нельсоном поступок бесчестен для офицера страны, которая в то время считала себя светочем цивилизации. Адмирала осуждали даже подчинённые его собственной эскадры. А в самой Британии парламентская оппозиция потребовала отдать его под суд. Но, как это всегда бывает, всё списали на войну.
Получается, что адмирал Нельсон и его непосредственный помощник капитан Траубридж лично проявили полную беспощадность и бессовестность в расправе с капитулировавшими республиканцами Неаполя. Из-за личной неприязни Нельсон решил повесить адмирала Караччиоло, командовавшего флотом республиканцев. Первоначально Караччиоло был отдан под суд, который приговорил его к пожизненному заключению. Узнав об этом, Нельсон настоял на повешении и добился своего. Он наскоро организовал военный суд и, побуждаемый своей любовницей леди Гамильтон, которая, собираясь уезжать, хотела до отъезда непременно поприсутствовать на казни, приказал немедленно же исполнить приговор. Караччиоло был повешен в день суда 29 июня 1799 года на борту линейного корабля «Минерва». Тело Караччиоло весь день продолжало висеть на корабле. «Необходим пример», – пояснял английский посол Гамильтон своей супруге, стоявшей рядом.
Здесь следует напомнить, что Нельсон в момент его бегства на Сицилию приказал сжечь неаполитанский флот. Это жестокое предписание было исполнено. Но память об английской карательной акции в Неаполе оказалась столь живуча, что деяния Нельсона и его друзей там помнили и через сто лет. Английский историк Карола Оман пишет: «…И через столетие англичане-туристы, посещавшие неаполитанские общественные и частные художественные галереи, со страхом смотрели на портреты представителей знати, придерживавшихся либеральных настроений, и женщин с детскими личиками. О каждом из них рассказывали страшные истории, как они были казнены, когда восемнадцать английских кораблей под командованием Нельсона стояли на якоре в Неаполитанском заливе…» в период неаполитанского бунта летом 1799 года.
К этому времени в Неаполь пришла и эскадра адмирала Фёдора Ушакова. С появлением в городе русских патрулей стихли последние погромы и прекратились убийства. Ремонтируя потрепанные штормами корабли, Ушаков деятельно готовился к походу на Мальту и штурму Ла-Валлетты. Однако вскоре пришло известие о разрыве русско-английских отношений и немедленном отзыве эскадры в Севастополь.
В начале лета 1800 года сэр Уильям Гамильтон достиг предельного для дипломата возраста (70 лет) и, уйдя в отставку, отбыл с супругой в Лондон. Нельсон последовал за ними, пожертвовав положением, славой и почти готовой победой над Мальтой.