Когда в конце 1859 г. Спрус получил королевский заказ на сбор цинхоны, он находился в Южной Америке уже 10 лет. Учитывая трудности, которые он перенес за эти годы, и неважное состояние здоровья, можно было бы легко представить, что он захочет вернуться домой в йоркширские долины. Но он согласился выполнить это поручение, причем, судя по всему, с большим энтузиазмом, хотя в одном из писем отмечал, что эта работа «вероятно, займет (если мне вообще удастся выжить) большую часть следующего года». Для сбора цинхоны Спрус подходил как нельзя лучше: он уже давно обосновался в нужном регионе Эквадора – в Амбато, хорошо изучил эти деревья и у него были связи. В частности, он подружился с человеком по имени Джеймс Тейлор, который служил врачом у генерала Хуана Хосе Флореса, первого президента Эквадора. Флорес, в свою очередь, контролировал обширные участки богатого цинхоной леса, к которому Спрус смог получить доступ. Несмотря на эти преимущества, подозрения Спруса, что работа окажется трудной и опасной, были вполне обоснованными.
Первую половину следующего года Спрус провел, исследуя окрестности Амбато. Ему нужно было готовиться к сбору семян в июле, когда те будут доступны, и выращиванию саженцев. Хотя в этом районе росло несколько видов цинхоны, Спрус стремился собрать особый вид цинхоны с красноватой корой,
В середине июня Спрус разбил лагерь в поселении под названием Лимон, откуда можно было добраться до цинхоны с красной корой. Сбор семян по-прежнему представлял собой нелегкую задачу. Начнем с того, что даже в тех местах рощи активно эксплуатировались. Вблизи поселений почти все зрелые деревья были срублены (хотя на пнях образовалось много побегов). Стояла прохладная и влажная погода, поэтому семена созревали медленно. Это вызвало сложности, потому что жители Лимона срывали незрелые плоды с деревьев в надежде, что Спрус купит у них семена. Наконец, в Эквадоре разразилась гражданская война, и вскоре после прибытия Спруса войска группировки, базирующейся в Кито (и поддерживаемой генералом Флоресом) направились через Лимон в долину, чтобы атаковать противника. Военные изъяли в сельской местности все продовольствие (Спрус жаловался, что лишился доступа к единственной маленькой плантации бананов, которую ему удалось найти) и грозились реквизировать лошадей экспедиции, продовольствие и другие припасы. Хорошие новости пришли в конце июля – из Королевских ботанических садов Кью прислали опытного садовода Роберта Кросса, который помог Спрусу укоренить черенки цинхоны. Вскоре у них появились тысячи новых растений, но дни становились все жарче, и им двоим приходилось часами носить воду в ведрах и поливать саженцы, чтобы те не засохли. Они также были единственными, кто защищал растения от нашествия гусениц.