В середине августа семена цинхоны наконец начали созревать, и к началу сентября Спрус собрал и высушил около 100 000 штук – всего с десяти деревьев в Лимоне и еще с пяти из другого местечка примерно в 20 км от основного лагеря. Но до конца работы было еще далеко: черенки и семена предстояло перевезти на побережье для отправки в Индию. К счастью, гражданская война подходила к концу, так как войска сторонников генерала Флореса (на чьей земле Спрус и работал) взяли город Гуаякиль. Путешествовать снова стало безопасно (или, по крайней мере, не так опасно), и в конце сентября Спрус уже смог отправиться в Гуаякиль. Кросс остался в Лимоне с саженцами до конца ноября, ожидая, пока те достаточно окрепнут для путешествия. Растения (637 из них) поместили в «ящики Уорда» (по сути, запечатанные террариумы из стекла и дерева) и перевезли на лодках вниз по реке от Лимона до Гуаякиля. Несмотря на проливные дожди, из-за которых реки разлились, что сделало трехдневное путешествие «быстрым, но опасным», Спрус с драгоценными черенками и семенами цинхоны добрался до Гуаякиля и 2 января 1861 г. покинул Эквадор на пароходе до Лимы – первой остановки на пути в Индию. Там семена благополучно проросли, черенки прижились, и через 15 лет на индийских плантациях уже росли сотни тысяч деревьев
Выполнив заказ на цинхону, Спрус еще три года провел в Южной Америке, собирая все, что только мог. Его сильно угнетало ослабленное здоровье: большую часть времени он едва мог ходить, был совершенно не в состоянии ездить верхом и лишь с большим трудом сидел за столом прямо. Мало того, его банк лопнул, и он потерял все свои сбережения. В мае 1864 г., понимая, что больше никогда не сможет бродить по тропическим лесам, он вернулся в Англию. Остаток жизни он провел в Йоркшире, живя на очень скромную государственную пенсию и занимаясь ботаникой, насколько позволяло здоровье. Как ни странно, он прожил еще почти 30 лет и умер от гриппа в декабре 1893 г. в возрасте 76 лет.
Для человека, который по причине слабого здоровья часто и подолгу не мог ничем заниматься, научные достижения Спруса просто поразительны. В течение 15 лет, проведенных в Южной Америке, Спрус собирал все, на что хватало его сил, а если сил не хватало, просто описывал в своих полевых дневниках. От его внимания не ускользало ни одно растение, он осознавал ценность сбора и описания полезных и декоративных растений и очень ответственно к этому относился. Спрус оставил пространные записи о многих растениях: пищевых, волокнистых, лекарственных, содержащих психоактивные вещества, а также о деревьях с ценной древесиной и о нескольких видах каучукового дерева (в 1855 г. он первым опубликовал описание процесса сбора и обработки каучука). Он также обнаружил и описал множество растений, отличающихся особой красотой и декоративными свойствами, многие из которых стали вскоре очень востребованными среди коллекционеров и садоводов, такие, например, как орхидеи, страстоцвет и удивительная амазонская виктория – кувшинка, чьи листья достигают 3 м в диаметре. Спрус вернулся в Англию с тысячами страниц полевых дневников и путевых заметок, не только подробно описывающих растительность бассейна Амазонки и Анд, но также связанных с геологией, географией и этнографией этих регионов, но так и не опубликовал их.