Из портов ислам распространился к кочевникам-кушитам низин, беджа на севере, сахо и афар (данакиль) на юге к заливу Таджура. Оживленные торговые пути вели через страну беджа из Верхнего Египта и Нубии к портам Красного моря, которые использовались паломниками и торговцами Йемена, поскольку Суэцкий залив был опасен для парусных судов. Главным портом между XI и XIV веками являлся Айдаб, который разрушили египетские мамлюки, а потом Савакин (Суакин). Самые загруженные торговые пути между эфиопскими нагорьями и побережьем вели через Харар к порту Зейла, что на Аденском заливе. Торговля велась мусульманскими купцами, игравшими большую роль в распространении ислама по всему региону. Изоляция христианского Аксума обратила его энергию от Красного моря в сторону хамитской Африки. Произошли глубокие культурные изменения, и на века способ христианских правителей поддерживать власть вовлек их в кочевое существование. Аксумское царство расширилось и упрочило свое влияние на горные районы Амхара и Годжам, а также запад Шоа. Несколько мусульманских государств возникло вдоль торговых путей в Восточной и Южной Шоа — Ифат, Адаль, Мора, Хобат и Джидая. К югу от реки Хауаш, среди осевших сидамо и кочевых племен, ислам был принят правителями кушитских государств — Фатаджар, Даваро, Хадия и Бали, отчасти как инструмент для сопротивления против семитской христианской экспансии. На юго-востоке, на территории Даваро, город Харар стал единственным постоянным (и до сих пор сохранившимся) мусульманским внутренним городским центром с уникальным собственным семитским языком. Со времен негуса (императора) Амда Сиона (1312–1342) христианское государство вело длительную борьбу за господство над мусульманскими и оставшимися языческими государствами (агао). Со временем негуса почти везде признали верховным правителем. Хотя война продолжалась, она имела мало общего с религией.
В позднем Средневековье Ифат (араб. Афат), что на юго-восточных нагорьях, стал самым важным мусульманским государством под управлением династии правителей Валасма, захвативших власть в 1285 году. Они контролировали государство кочевников Адаль со столицей в Зейле, но в 1332 году сами были покорены негусом и после очередного поражения в 1435 году свергнуты. Последний внук правителя после ссылки в Йемене восстановил государство под тем же именем Адаль (его еще называли султанатом Зейлы). Позже Харар был присоединен к этому государству и стал его столицей. В начале XVI века султан признал власть негуса и стал проводить миротворческую политику по отношению к христианскому государству. Вооруженные силы Адаля состояли по большей части из племен Данкали и Сомали.
Народ Сомали, говоривший на кушитском языке, вероятно, был выходцем с территории, расположенной к югу от Зейлы и Берберы и к востоку от Харара. Как и другие кочевники-хамиты, они принимали ислам целыми группами. Согласно устной традиции, разные племена обращались под влиянием заезжих мусульманских проповедников, которые, возможно, были еще и купцами и могли также организовывать племенные группы. Считается, что великие сомалийские династии ведут происхождение от арабских «святых». Самые ранние письменные упоминания Сомали относятся к XV и XVI векам, когда сомалийцы начали свою великую южную экспансию, которая должна была провести их мимо Могадишо и через реку Джуба на территорию современной Кении. Этот процесс, во время которого сомалийцы «поглотили» барабра и банту — ранних обитателей Африканского рога, может быть связан с северной миграцией в северо-западном направлении племен галла, чей изначальный ореол обитания находился на юге Сомали. Галла, тоже хамитские кочевники, в те времена были язычниками. Сомалийцы стали рьяными мусульманами, сохранив приверженность своим законам, содержавшим элементы шариата. Разные племена отдавали предпочтение суфийским орденам, таким как кадирия и рифаия, и поклонялись специфическим святым. Письменность, если в ней возникала необходимость, была делом только религиозных лидеров и велась на арабском языке. Несмотря на количественную и территориальную экспансию, отсутствие единства среди племен не позволило Сомали в то время стать эффективной политической силой.