Спустя пять дней после того, как 23 июня 1922 г. кабинет министров Японии принял окончательное решение о выводе Владивостокской экспедиционной армии с территории ДВР, в Токио состоялось тайное заседание правительства, на котором министр иностранных дел заявил о нежелательности размещения в Китае резидентур Генерального штаба, с чем военный министр был вынужден согласиться583. 28 июля армия направила в МИД своего представителя майора Кудо Есио для выяснения позиции дипломатического ведомства относительно сохранения ЯВМ в Северной Маньчжурии. Сотрудник МИД Сигэмицу Мамору вновь заявил о нежелательности пребывания японских разведывательных органов в Китае из-за возможной негативной реакции западных государств, однако уточнил, что МИД не возражает против нахождения в Северной Маньчжурии в течение одного-двух месяцев небольшого числа офицеров разведки для приведения в порядок дел, связанных с эвакуацией ЯВМ584.
Ухватившись за эту соломинку, армия подготовила проект организации сети ЯВМ на советском Дальнем Востоке и в Северной Маньчжурии, который предусматривал размещение трех офицеров разведки в Харбине и по одному офицеру во Владивостоке, Хэйхэ и Маньчжоули. Харбинской миссии отводилась роль головного разведывательного органа по сбору военной информации о ДВР585.
13 сентября министр иностранных дел направил военному министру официальный ответ, в котором подтвердил позицию МИД о неприемлемости нахождения ЯВМ в Северной Маньчжурии, но предложил армии командировать военных резидентов в японские дипломатические миссии в Харбин и Ханькоу586.
За нежеланием МИД согласиться на размещение разведывательных органов в Северной Маньчжурии скрывались опасения дипломатов по поводу вмешательства армии в материковую политику подобно тому, как это происходило во время «сибирской экспедиции». Поэтому 23 сентября начальник Бюро военных дел военного министерства генерал-майор Хата Эйтаро заверил руководителя Азиатского бюро МИД Ходзава в том, что командируемые в Китай офицеры будут заниматься исключительно военной разведкой587.
Хотя МИД продолжал бойкотировать развертывание разведорганов в Северной Маньчжурии (в его циркуляре от 23 октября 1922 г., в частности, отмечалось, что в случае «настойчивых требований армии придется пойти на временную меру и согласиться на размещение одного военного резидента в звании майора или рангом ниже в Харбине для сбора разведывательной информации о военной ситуации в России»588), 6 ноября 1922 г. заместитель военного министра направил начальнику штаба Квантунской армии циркуляр, в котором предписывал ему до конца месяца реорганизовать сеть ЯВМ в Северной Маньчжурии, сократив численность личного состава с 9 до 5 офицеров589.
Таким образом, после вывода ВЭА в октябре 1922 г. в Японию в Северной Маньчжурии остались миссии в Харбине, Хэйхэ и Маньчжоули, подчиненные Квантунской армии и ориентированные на сбор информации о Советском Союзе590. В то же время агентурный аппарат владивостокской и никольск-уссурийской миссий в полном составе был передан командованию Корейской армии, образовавшей на их базе легальную резидентуру во Владивостоке.
Резюмируя вышеизложенное, можно констатировать, что после высадки экспедиционного контингента летом 1918 г. военная разведка Японии столкнулась с комплексом серьезных проблем, вызванных слабостью марионеточного правительства Д.Л. Хорвата, появлением альтернативного политического центра в Сибири и сепаратизмом казачьей верхушки, в первую очередь Г.М. Семенова. Используя финансовые рычаги и поставки оружия, разведывательные органы ВЭА сумели взять под контроль развитие политической ситуации на Дальнем Востоке и в Забайкалье, однако колчаковский переворот спровоцировал рост напряженности между Японией, США и Великобританией.
Благодаря давлению на А.В. Колчака и Г.М. Семенова через приставленных к ним советников, японская военная разведка на некоторое время стабилизировала обстановку на занятой территории, контролируя ее с помощью разветвленного агентурного аппарата из числа высших чиновников Омского правительства и колчаковской армии. Но рост краснопартизанского движения, поражение Белой армии на Восточном фронте, эвакуация из Приморья чехословацкого корпуса и американских войск заставили военную разведку Японии переориентироваться в 1920 г. на поиск путей сохранения легитимного статуса пребывания императорских войск в России.