В течение декабря 1921 – марта 1922 г. благовещенская и маньчжурская ЯВМ внимательно наблюдали за формированием и переброской резервов НРА из Забайкалья и Приамурья к Хабаровску, изучали работу Амурской и Забайкальской железных дорог, вскрывали военно-политические замыслы правительства ДВР. Благовещенская миссия, в частности, сообщала о перебросках стрелковых и артиллерийских частей благовещенского гарнизона под Хабаровск, мерах по охране общественного порядка в приамурской столице, стычках контрреволюционных групп с отрядами ГПО, настроениях населения, пропаганде в адрес Японии. Хабаровская миссия, парализованная отсутствием связи с Владивостоком, после захвата дальневосточной столицы меркуловцами 22 декабря 1921 г. информировала командование о численности, вооружении, оперативных планах белых войск, работах по возведению ими оборонительных сооружений, а во время штурма волочаевских укреплений отслеживала ход боевых действий и потери обеих сторон578.
Хронические проблемы со связью и давление на японские военные миссии советских властей вынудили командование ВЭА принять весной 1922 г. решение об эвакуации хабаровской и благовещенской резидентур на территорию Маньчжурии. Существенное влияние на позицию армии также оказывало отсутствие прогресса на переговорах в Дайрэне по вопросу свободного пребывания японских военных представителей на Дальнем Востоке и в Забайкалье, а свертывание переговорного процесса в апреле 1922 г. подстегнуло ВЭА начать спешный вывод ее разведывательных органов из Приамурья.
Приказ об эвакуации хабаровской миссии капитан Хигути Киитиро получил 15 апреля. Спустя полторы недели он и Тэрада благополучно пересекли на пароходе российско-китайскую границу и в конце мая прибыли во Владивосток. Подготовка к выводу благовещенской миссии началась несколько позже – 20 апреля, после того как начальник мукденской миссии генерал-майор Киси Ядзиро согласовал с губернатором провинции Фэнтянь Чжан Цзолинем вопросы ее размещения и охраны в Хэйхэ. 6 мая подчиненные майора Югами Дзисабуро организованно прибыли на маньчжурскую территорию579.
Несмотря на вынужденное свертывание разведывательной деятельности с позиций военных миссий в Хабаровске и Благовещенске, 2-е управление Генштаба продолжало систематически получать интересовавшую его информацию о ситуации в ДВР. Для этого оно перераспределило зоны ответственности между ЯВМ Квантунской и Владивостокской экспедиционной армий, заложив тем самым основы японской разведывательной организации на Дальнем Востоке, в Северной Маньчжурии и Забайкалье, которые просуществовали вплоть до восстановления дипломатических отношений с СССР в 1925 г.: харбинская миссия теперь собирала информацию в полосе КВЖД и Приамурье, маньчжурская миссия контролировала Забайкалье, хэйхэская миссия занималась агентурной разведкой в Амурской области, а владивостокская и никольск-уссурийская оперировали на юге Приморья. Связь с наиболее ценными русскими агентами поддерживал лично заместитель начальника харбинской миссии полковник Сиотэн Нобутака, для чего, по сведениям ГПО ДВР, в феврале 1922 г. он выезжал в Маньчжоули на встречу с читинским источником580.
Анализ сообщений миссий за вторую половину 1922 г. свидетельствует о том, что им удалось реанимировать прежние агентурные связи в ДВР. Хэйхэская миссия уже 28 мая 1922 г. информировала штаб армии об отправке из Благовещенска в Николаевск-на-Амуре четырех пароходов с отрядом морских пехотинцев, возможном переселении туда 200 членов семей партактива, прибывших зимой из европейской части РСФСР, а также о забастовке работников Амурской железной дороги. Через агента в штабе благовещенского гарнизона, с 1921 г. снабжавшего миссию копиями телеграмм и распоряжений Военного совета НРА, резидентура 18–22 июня получила приказы В.К Блюхера о переводе стрелковых и кавалерийских частей на новую организационно-штатную структуру, соответствовавшую типовой организации Красной армии581.
С августа 1922 г. харбинская миссия возглавила деятельность всех японских разведывательных органов в Северной Маньчжурии путем переподчинения ей хэйхэской и маньчжурской ЯВМ. Одним из главных источников информации для нее оставалась агентура на харбинской телеграфной станции, передававшая с 1921 г. копии телеграмм местного представительства ДВР. 5 мая 1922 г. начальник штаба Квантунской армии, в частности, доложил заместителю начальника Генштаба полученную через нее телеграмму Штаба НРА харбинскому резиденту с требованием срочно собрать информацию о позиции японского командования по свертыванию переговоров в Дайрэне и возможных районах боевых действий японской армии, а 10 мая передал в Токио содержание телеграммы МИД ДВР его представителю Э.К. Озорнину об эвакуации хабаровской военной миссии582.
Параллельно с выводом и реорганизацией японских военных миссий военное министерство летом – осенью 1922 г. активно прорабатывало вопрос о будущем органов особой службы на территории Северной Маньчжурии, сталкиваясь на этом пути с сопротивлением МИД.