– Приморская (Владивосток) – с резидентурами во Владивостоке, Хабаровске и Никольск-Уссурийском.
– Амурская (Благовещенск) – с резидентурами в Амурской области.
– Восточнобайкальская (Чита) – с резидентурами в Чите, Даурии и Маньчжоули.
– Западнобайкальская (Верхнеудинск) – с резидентурами в Забайкалье518.
Появление в этом списке благовещенской миссии, эвакуированной в марте 1920 г. с японскими частями в Хэйхэ, объяснялось стратегическим значением Амурской области (власть в которой, несмотря на апрельские события, оставалась в руках большевиков) для переброски 5-й дивизии из буферной зоны в Приморье, поэтому еще в июле Токио поручил командованию ВЭА проработать вопрос о возвращении ЯВМ в Благовещенск, тем более что 20 июля Оои упразднил хабаровскую миссию и передал ее функции 14-й пехотной дивизии. После серии переговоров с Амурским облревкомом 23 августа начальник органа майор Токинори Хисаси получил разрешение прибыть в Благовещенск, однако основная часть его сотрудников во главе с капитаном Нагано Ёсио осталась в Хэйхэ. В инструкциях штаба армии Токинори предписывалось вести переговоры с Амурским ревкомом о прекращении боевых действий между японскими и советскими войсками на востоке области, о возобновлении транспортного сообщения и связи между Приамурьем и Приморьем через Хабаровск и о свободном судоходстве по устью Амура. Однако главной задачей миссии являлось удержание Амурского облревкома от выступления против семеновцев519.
Таким образом, весной – осенью 1920 г. благовещенская и владивостокская миссии решали задачу организации вывода японских войск из Приамурья на выгодных для Токио условиях. Итогом переговоров стало заключение 24 сентября в развитие апрельских договоренностей соглашения между Временным Приморским правительством и командованием ВЭА об эвакуации 14-й пехотной дивизии из Хабаровска и установлении нейтральной зоны в Приморье с границей по станции Уссури. Договор также закрепил за японской армией право иметь своих представителей («гунъиин») в Хабаровске для наблюдения за выполнением соглашения и сношений с областным управлением ДВР. Фактически же Генеральный штаб легализовал в дальневосточной столице свою резидентуру, сообщения от которой в служебной переписке Владивостокской экспедиционной армии проходили как «Информация органа особой службы в Хабаровске». В соглашении от 24 сентября и дополнительном приложении от 13 октября 1920 г. Приморское правительство гарантировало японской военной миссии свободный и бесплатный доступ к каналам радиотелеграфной связи в Хабаровске520.
Процесс организации хабаровской миссии проходил достаточно сложно. Начальнику органа капитану Хигути Киитиро пришлось столкнуться с множеством внешне несвязанных проблем, от решения которых зависела успешная деятельность будущей резидентуры. Достаточно долго Хигути не мог найти переводчика и заместителя, так как подобранные им кандидаты из числа офицеров пехотных дивизий либо недостаточно знали русский язык, либо отказывались от работы в разведке. Этот вопрос он решил благодаря начальнику никольск-уссурийской миссии подполковнику Иноуэ Тюя, который откомандировал в распоряжение Хигути своего заместителя капитана Тэрада Тосимицу. Как вспоминал Хигути, Тэрада отличался нетипичной для японца внешностью, роднившей его с европейцами, великолепным знанием русского языка и умением заводить полезные связи среди русского населения. Столь же остро перед резидентурой на первом этапе стоял вопрос поддержания связи с Владивостоком, так как собственной радиостанцией она не располагала, а разработанный в штабе армии проект захвата и удержания хабаровского телеграфа японским экспедиционным отрядом, даже несмотря на приход в город советских частей, был лишен здравого смысла. К перечню проблем добавлялись отсутствие у миссии на первом этапе собственного помещения и необходимость организации ее вооруженной охраны в связи с оставлением 21 октября Хабаровска 14-й дивизией и воцарившейся в городе вакханалией521.