После окончания боев за Читу и бегства семеновских войск в Даурию Генштаб провел третью за год реорганизацию разведаппарата ВЭА. 25 октября 1920 г. читинская и верхнеудинская миссии были объединены в забайкальскую, на которую возлагался сбор информации о политической и военной ситуации в Забайкалье, повестке и решениях открывшейся в Чите объединительной конференции правительств Забайкалья, Приамурья, Сахалина и Камчатки, а также поддержание связи с Семеновым с прицелом использования его армии против советских войск в будущем. В Хабаровске после эвакуации 14-й пехотной дивизии была создана североприморская миссия во главе с официальным наблюдателем от ВЭА капитаном Хигути Киитиро, занимавшаяся разведкой в Приамурье и нейтральной зоне Приморья, а также в отдельных случаях – в районе Николаевска-на-Амуре, для чего ей переподчинялась миссия в Благовещенске527.
Кроме того, харбинская военная миссия 30 октября была выведена из подчинения ВЭА и передана в Квантунскую армию. Приказом командующего объединением начальнику миссии от 15 ноября 1920 г. на нее возлагались задачи по сбору и надлежащей оценке разведывательной информации о вооруженных силах и военной промышленности России и Китая, деятельности органов власти и экономических организаций обеих стран, изучению военной топографии Северной Маньчжурии, освещению положения дел у корейских повстанцев и отрядов хунхузов. Деятельность миссии должна была вестись в тесном контакте с японскими дипломатическими органами и в соответствии с принятым империей курсом на поддержание дружеских отношений с российскими и китайскими властями. Проведение каких-либо активных мероприятий запрещалось528.
Фактически харбинская миссия превратилась в головной разведывательный орган японской армии на северо-востоке Китая, поскольку секретным приказом по военному министерству от 8 ноября 1920 г. к Квантунской армии для ведения разведки в Северной Маньчжурии прикомандировались 7 офицеров в звании от генерал-майора до «лейтенанта», 1 внештатный сотрудник, 3 переводчика и 12 наемных сотрудников. Из них 5 офицеров, включая генерал-лейтенанта Исидзака Дзэндзиро, полковника Сиотэн Нобутака, капитанов Гига Сэя и Окамото Садамицу, служили в харбинской миссии, еще 2 – в цицикарской резидентуре529.
Вывод 5-й пехотной дивизии и разгром читинской группировки семеновцев в конце 1920 г. означали свертывание работы японской разведки в Забайкалье с легальных позиций. Эвакуация сотрудников ЯВМ началась в ноябре 1920 г., после того как резидент в Верхнеудинске подполковник Накаока Ятака получил приказ от Идзомэ о выводе аппарата в Читу и организации разведки в Забайкалье через маршрутную агентуру. 11 ноября начальник штаба Владивостокской армии назначил Идзомэ главой североприморской миссии в Хабаровске с отделением в Благовещенске и потребовал подготовить проект новой расстановки сотрудников в Забайкалье и Приамурье. В ответной телеграмме Идзомэ предложил оставить начальником благовещенской миссии майора Токинори Хиса-си, временно сохранить читинскую резидентуру в составе майора Югами Дзисабуро, капитана Симамото Сёити, переводчика Танабэ Матао, секретаря и 3 наемных работников, а капитана Сасаки Тоити и лейтенанта Симонага Кэндзи из миссии в Маньчжоули после нормализации обстановки в Восточном Забайкалье подчинить благовещенскому разведоргану530.
Частично этот проект был реализован. Поскольку сохранить резидентуру в Чите не удалось, 3 декабря 1920 г. все сотрудники верхнеудинской и читинской миссий благополучно прибыли в Маньчжоули и штаб армии реорганизовал действовавший здесь разведывательный орган в самостоятельную военную миссию с зоной ответственности в Забайкалье, Монголии и Северной Маньчжурии. Полковник Идзомэ Рокуро в декабре 1920 – январе 1921 г. участвовал в переброске остатков армий Семенова и Каппеля из Маньчжурии под Гродеково, затем в качестве руководителя хабаровской миссии исполнял функции дипломатического представителя Японии в Приамурье, а в апреле 1921 г. вернулся на родину на должность командира 37-го пехотного полка, после чего резидентуру в Хабаровске снова возглавил капитан Хигути Киитиро. Большая часть сотрудников забайкальских миссий осталась в Маньчжоули и Харбине, и только майор Югами Дзисабуро получил назначение начальником благовещенской миссии, сменив на этом посту откомандированного во 2-й отдел штаба армии майора Токинори Хисаси531.
В целом же, несмотря на сокращение осенью 1920 г. зоны ответственности ВЭА, численность ее разведорганов выросла по сравнению с предыдущим периодом более чем в два раза. Согласно штатному расписанию управления армии на 6 января 1921 г., в подчиненных ему миссиях во Владивостоке, Никольск-Уссурийском, Хабаровске, Благовещенске и Маньчжоули служило 22 офицера разведки и 13 переводчиков с русского, английского, немецкого, китайского и монгольского языков, что, с учетом 23 разведчиков Квантунской армии, составляло 58 человек против 27 в феврале 1919 г.532